第二十五章《國民黨高官敗逃台灣真相(第三部
朱家驊
學界泰斗揮淚遞辭呈
作為教育界、學術界泰斗，外交界耆宿，朱家驊以學者身份從政，由省政到部院歷任要職，其組成的“新CC系”可與二陳“CC系”互為抗衡。遷台後嘔心瀝血，重振“中央研究院”，卻因意外之故不得不黯然退位。
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姓名字號：朱家驊，字騮先
籍貫：浙江吳興（今湖州）
生卒年月：1893年5月30日——1963年1月3日，卒年70歲
畢業院校：德國柏林大學
最高職務：國民政府行政院副院長
家世：
始祖——朱琳，遊學之士，始遷至湖州
高祖——朱仰高
曾祖——朱上清
祖父——朱竹軒
父親——朱雲舫，朱家驊11歲時病逝
母親——姚氏，朱家驊12歲時病逝
長兄——朱祥生，父母雙亡后擔負起撫養照顧朱家驊的責任
嫂嫂——陳氏，視朱家驊如己出
妻子兒女：
原配夫人——程亦容，無子女
第二任夫人——王文淵，無子女
簡歷
1893年——5月30日出生於浙江吳興（今湖州）小港里鶴和鎮的一個商人兼地主家庭。
1899年——入私塾學習。
1905年——入南潯正蒙學堂讀書。
1908年——轉入南潯公學。同年，考入上海同濟德文醫學堂（同濟大學前身）。
1912年——加入國民黨。
1914年——入德國柏林礦科大學學習。
1917年——回國，被聘為北京大學教授。
1918年——再度留洋。
1919年——入瑞士伯均大學。
1922年——獲德國柏林大學地質學博士學位。
1924年——任北京大學地質系教授兼德文系主任。
1926年——任廣東省政府民政廳廳長、國民政府兩廣地質調查所所長。
1927年——任國民政府國立中山大學副校長。
1928年——任國民政府建設委員會委員。
1929年——當選國民黨中央執行委員、中央政治會議委員。此後當選第四至六屆中央執行委員。
1930年——專任中山大學校長，同年改任中央大學校長。
1931年——兼任中英庚款董事會董事長。同年，任國民政府教育部部長。
1933年——任國民政府交通部部長。
1934年——任整理內外債委員會委員。
1935年——任國立中央研究院評議員。
1936年——任中央研究院總幹事。同年，任國民政府浙江省政府主席兼民政廳廳長及浙江省保安司令。
1938年——調任中央軍事委員會參事室主任，後任國民黨中央執行委員會秘書長、中央黨務委員會主任委員、三民主義青年團中央臨時幹事會常務幹事等。
1939年——任國民黨組織部部長。
1940年——任國立中央研究院代理院長。
1941年——任考試院副院長。
1943年——任國民政府委員。
1944年——任中央銀行理事。
1946年——當選“制憲國民大會”代表。
1947年——任全國經濟委員會委員、行政院政務委員。
1948年——任中央研究院院長、中央研究院院士、行政院政務委員。
1949年——任行政院副院長。同年，任“總統府”資政。
1963年——1月3日病逝，享年70歲。
一、兩度赴德，終獲博士學位
1.剪辮的小革命黨
浙江省吳興縣地處太湖流域，經濟富庶，人才輩出，近代名人便有蔡元培、陳其美、張靜江、陳果夫、陳立夫等。朱家驊這個民國史上頗為重要的人物，便出生在吳興縣小港里鶴和鎮的一個商人兼地主家庭。
朱家驊自幼聰明好學，6歲入鄰居家的私塾。11歲時，又跟隨父親朱雲舫進城，進入馬軍巷沈家的私塾。
不想，朱家驊剛入新私塾不久，父親朱雲舫便因病離世，享年49歲。
半年後，朱雲舫的二姐早亡。
第二年，也就是朱家驊12歲時，他的母親姚氏去世，享年也是49歲。
兩年間，朱家驊父母雙亡，接連失去三位親人，自然痛苦萬分。但由於他年紀尚幼，還不懂失去雙親意味着什麼，因而心中雖然痛苦，仍我行我素，不僅貪玩，還時常逃學，令其長兄朱祥生頗為焦慮。
朱祥生此時在張靜江的兩浙鹽務公司當賬房，張靜江乃吳興南潯鎮四大豪門之一，對老鄉朱祥生非常照顧，憑藉這層關係，朱家驊在12歲這年進入張靜江兄長創辦的新式學校——南潯正蒙學堂讀書。
在正蒙學堂，朱家驊遇到了他實際意義上的啟蒙老師——校長曹元晉。
曹元晉慧眼識金，發現朱家驊雖然貪玩，卻極具天賦，是個可造就之材，因而對他倍加青睞，循循善誘，竟使得調皮貪玩的朱家驊，能夠坐下來認真學習，成績突飛猛進。
這年秋天，一直為朱家驊不肯讀書頭疼不已的朱祥生來到正蒙學堂，路過學校張貼的會考成績榜，不經意地掃了一眼，竟發現朱家驊的名字赫然寫在第一位！
朱祥生簡直不敢相信自己的眼睛，他喜出望外，三步並兩步來到弟弟所在的宿舍，一把抱住弟弟，口中不停地誇讚。朱家驊第一次得到兄長表揚，心中也興奮不已，此後更加發奮讀書，決心保住第一名的桂冠。
在曹元晉的啟蒙后，朱家驊又遇到了梁仲炘和沈士遠兩位具有先進思想的老師，在潛移默化中，朦朦朧朧地懂得了一些現代政治理念，萌發出強烈的國家民族意識。
同時，朱家驊逐漸感到自己腦袋後面的辮子，是“滿人之奴”的象徵，竟在一天晚上，果斷地將辮子剪下！
第二天，同學們見朱家驊身後的辮子消失了，都驚訝得張大了嘴巴。梁仲炘和沈士遠老師，則大笑着稱他是“小革命黨”！
於是，13歲的朱家驊以剪辮行動向“革命黨”“註冊”，這似乎成為他將畢生奉獻於現代化民主運動的先兆。
1907年夏天，正蒙學堂停辦，朱家驊轉入南潯公學讀書，年底畢業后，朱家驊於次年擔任三賢祠小學的代課老師，也曾做過監督學生做功課的導師。
也就在這一年，朱家驊的二哥、年僅21歲的朱家騏病逝，朱家驊從此又失去一位親人。
1908年秋，朱家驊考入上海同濟德文醫學堂（同濟大學前身），屬於自費生。適逢張靜江在上海經營通運公司，通過兄長朱祥生，朱家驊終於與張靜江見面。此後兩個人經常往來，張靜江對朱家驊這個小同鄉給予了多方面的照顧。
在同濟德文醫學堂，德籍納少華博士採取直接法教授德語，朱家驊學習的其他課程如史地、動物、植物、理化等，也都是由德國人直接用德語講授，並且督導嚴格，因而朱家驊德語水平提高神速。
尤其是學校的德國輔導老師安勒斯博士，工作態度嚴謹，對學生管教極為嚴格，從學生的飲食起居到坐姿儀態到為人處事，無所不管。若學生犯錯，則罰其抄書十遍。在如此教育環境中，朱家驊的綜合素質得到全面提高。
2.發起中國敢死團
在同濟德文醫學堂學習期間，朱家驊的革命意識也得到進一步提升，1911年初，朱家驊聽了同盟會領袖宋教仁、于右任等人的講演，深受鼓舞，和同學發起組織了“中國敢死團”，並於2月初，在於右任創辦的《民立報》以廣告形式刊登“中國敢死團”啟示。
廣告刊出數日後，前來報館洽談和報名者眾多。不僅青年學生，甚至上海道道署衛隊、吳淞炮台警衛營、南區警察署、北區警察署、上海巡防營等也都派代表前來報名。
後來成為敢死團重要幹部的戴述銘，本是上海閘北騎巡隊教練，也來到報館報名，當時《民立報》主筆陳其美、廣告部主任徐棠和朱家驊均在場。
徐棠首先問：
“你願意助錢還是助人？”
“要人有人，要錢沒有。”戴述銘回答。
朱家驊立刻表示歡迎，請戴述銘繕造入團人名冊。很快，戴述銘的同僚們前往辦理入團登記，不到一個月，上海市軍警界秘密加入敢死團的成員就多達500餘人。
不久，在朱祥生所辦的日華照相館，“中國敢死團”召開成立大會，18歲的朱家驊被公推為團長，徐棠任總務兼通訊，陳天民等四人為軍事設計。
該團公開宗旨是：
“聯絡敢死同志為國家後盾，戰事起后，立即召集訓練行軍法則，備赴戰地。”
實則為抵禦外侮、共抗強權，是反清的革命組織。
數月後，中國敢死團完成了軍事編組，下分四個大隊，每個大隊設四個分隊，每個分隊設四個排。敢死團總部設於愛文義路，每周召開一次會議；還在南京、北京、天津、漢口、廣州、昆明等地設分團。臨近起義時，又於十六鋪南康旅館設立機關部。
隨着敢死團勢力的發展、影響的擴大，清外交部致兩江總督張人駿電稱：民間組織敢死團，“此舉深恐搖惑人心，牽動大局”；政務處致江蘇巡撫程德全電稱：敢死團“皆是搖動人民”，應“切實查禁”。張、程接到來電，立即令上海道道台劉燕“認真查禁”敢死團。
但實際上，“查禁”並未“認真”進行，朱家驊只是換了個地址，依舊高調行事。
10月10日，武昌起義爆發。在上海，作為辛亥革命宣傳基地的《民立報》報館立刻人滿為患，人們紛紛前往觀看報館門口每日張貼的革命新聞告示。各種機關也懷着各種目的，派人來報館疏通，希冀與革命黨取得聯繫。
一日，于右任正與英文翻譯在報館二樓編報，一伙人跑來尋找革命黨，對於右任糾纏不休。就在此時，一名青年上樓，于右任指着這名青年說：
“來了個革命黨。”
眾人以為于右任故意推脫，表示不信。而實際上，此人正是革命黨人——中國公學學生張承。在武昌起義后七天，張承在上海迅速組織起另一支敢死隊，此時人數已擴增至3000多。
當時，革命黨最頑固的敵人為江南製造局衛隊營。而朱家驊的“敢死團”，正是與張承的這支“敢死隊”，會師於同盟會攻打江南製造局的戰場上。
然而，在上海起義的戰場上，卻沒有見到朱家驊的身影。
原來，“中國敢死團”決定在上海舉行起義后，推舉朱家驊為敢死團駐武漢代表團團長，率另外四名代表同赴武漢，參加革命起義。
由於敢死團經費不足，朱家驊經長兄朱祥生允許后，將其交託他收取的交通銀行股息及紅利360多兩白銀，作為代表團的旅費。代表團一行五人在虹口秘密登船。
事有湊巧，與朱家驊等人同船的還有其他幾位馳援武漢的革命志士，朱家驊等人便與之同行，眾人於10月25日清早抵達武漢。
然而，眾人剛剛在武昌登岸，便遭遇一陣彈雨，其中兩人被流彈擊中而斃命，朱家驊一行五人所幸都沒有受傷。
找到革命軍總部，眾人先面見了革命軍政府的司法總長張知本，受到熱烈歡迎，之後朱家驊等人單獨拜見了軍政府參謀長吳兆麟。見面后，朱家驊說明來意：
“我們是代表上海‘中國敢死團’前來參加革命起義的。”
然而，朱家驊一行五人皆為文人，都不曾受過軍事訓練，更沒有作戰經驗，結果被吳兆麟婉言拒絕。
吳兆麟見朱家驊等人都熟悉德語，便邀請他們到德國人開辦的傷兵醫院擔任翻譯工作，朱家驊等人在此處服務了三個月，直到南北議和成功后才返回上海，也算是象徵性參加了革命。
對於朱家驊這段革命經歷，張知本在朱家驊逝世后寫下的一首七言律詩中有所涉及：
猶記當年鼎革時，曾從武漢識英姿；
不辭遠道參新命，盡抱雄心佐義師；
培植人才歷辛苦，艱難國步仗扶持；
神州待復默相助，自有功名竹帛垂。
3.赴德國留學不成
民國元年，朱家驊回學校繼續讀書，熱火朝天的革命生活暫告結束，重新開始了寧靜的校園生活。
這一年，同濟德文醫學堂增設工科，改名為同濟醫工學校，由德國人貝倫子博士負責。朱家驊轉入工科，不久加入由同盟會改組而成的國民黨。
1913年，朱家驊工科畢業，成為同濟醫工學校第一屆畢業生。1914年初，在張靜江的推薦與資助下，朱家驊辦妥自費留學德國的手續。適逢張靜江赴法國遊歷，兩人決定結伴西行。
3月，朱家驊和張靜江同船前往大連。船靠岸后，兩人尚未下船，便有一位穿日本和服的青年上前迎接張靜江，又和朱家驊握手。朱家驊一時沒認出對方是誰，張靜江在一旁笑着說：
“這是戴先生啊！”
朱家驊仔細一看，恍然大悟，戴先生即戴季陶。因參加革命，戴季陶被北洋政府通緝，因而化妝成日本人，和陳其美等人逃到大連避難。
早在辛亥革命時，朱家驊與戴季陶便有過接觸。當時，張靜江、戴季陶、陳其美等人均在上海奔走革命，朱家驊頗得幾人賞識，尤得戴季陶重視，戴稱其：
“素有大志，少年可為。”
此後戴季陶和朱家驊關係日漸密切，戴季陶後來還公開說：
“中國只有一個半人才。”
半個指易培基，一個即朱家驊。可見他對朱家驊的賞識。
幾人下船后，由戴季陶帶路，前往陳其美的住所。在此，幾人密談革命整整三日。之後，朱家驊和張靜江才啟程赴歐，他們準備乘坐西伯利亞鐵路車——“萬國卧車”，經莫斯科，前往柏林。戴季陶、陳其美等人前往送行。
臨別時，戴季陶拿出一頂帽子和一條圍巾遞給朱家驊說：
“路上冷，特地給你買的。”
朱家驊受寵若驚，感激且感動地接過，立即佩戴好，向戴季陶等人鞠了個躬，轉身登上火車。
抵達柏林后，朱家驊和張靜江分手，張靜江西去巴黎，經營張家在巴黎的商業事務。朱家驊則先去看望以前的德籍老師，然後來到蓋爾森教堂城的魯爾礦區，向總經理報到，準備在這裏實習。當時總經理不在，由另一個經理接待朱家驊。
這位經理將朱家驊視同工人，也不多說，直接把他帶到總監面前，對朱家驊說：
“這位就是你的上司，你以後做工，一切要聽他的話，好好接受他的指導。”
從此，朱家驊成為地地道道的礦工，他被輪流調到每一個部門，打過礦石、開過巷子，每到一處都要幹上一個月。每天的工資，只有三馬克。
不久，礦區總經理歸來，見朱家驊滿手都是繭子，滿意地說：
“恩，這樣很好，年輕人要能吃苦，才有前途！”
或許被朱家驊滿手的繭子所打動，總經理決定給他一個獎勵，對朱家驊大方地說：
“我有輛自用的馬車，你拿去用，假日去遊覽一番，好好認識認識德國。”
朱家驊在魯爾礦區實習期間，正好趕上第一次世界大戰爆發。1914年8月1日，德國對俄國、法國宣戰，一周后，便有大批俄俘、法俘被送到魯爾礦區做工。30日，日本對德宣戰，日本的目的是趁火打劫，奪取德國在中國山東搶佔的各種權益，9月2日，日軍在山東龍口登陸。
對於日本人這種行徑，德國人自然恨得咬牙切齒，見了朱家驊，一看就知道是東方人，雖然分不清是哪國人，索性將他當作日本人痛罵。這期間，朱家驊成了過街老鼠，人人喊打。
好在朱家驊的實習期在10月宣告結束，朱家驊拿着礦區總經理寫的一紙實習半年證明書，逃也似的離開了魯爾礦區，正式進入柏林礦科大學學習。
1916年，朱家驊再一次到礦區實習。半年多后，柏林礦業大學併入柏林工科大學，成為第七院，朱家驊經考試，升至三年級，同時他參加並通過了德國政府特辦的工程師預試。
然而由於第一次世界大戰，德國學生多已從軍，朱家驊所在班級只剩下三個中國學生。德國有規定：凡是一班不滿三個德國學生的，就不開班。在此情況下，朱家驊已無法繼續求學。
12月15日，朱家驊離開柏林，取道丹麥、瑞典、芬蘭、俄國，回到上海。
4.阿爾卑斯山遇險
回國后，朱家驊通過北大文科教授沈尹默的介紹，到北京大學任教，是北大最早的第二外國語德語教授，也是中國第一代德語教授。當時北大總共有28位教授，朱家驊年僅24歲，被稱為北大最年輕的教授。
1918年，在北大校長蔡元培的推薦下，朱家驊獲得北洋政府教育部公費，再度赴歐洲留學深造。這年7月，朱家驊乘坐美國華僑開辦的中國郵船公司“南京號”，先來到美國，利用辦理簽證的時間，進入貝利茨方言學校，學習英語和法語。年底，朱家驊來到瑞士，於次年年初進入伯爾尼大學地質系三年級就讀。
朱家驊十分珍惜這次留學機會，刻苦學習，同時他的業餘活動也非常豐富。朱家驊嚮往美麗的阿爾卑斯山，於5月底加入了阿爾卑斯山爬山俱樂部，希望和俱樂部成員一起領略阿爾卑斯山的迷人風光。
在一個晴朗的星期天，朱家驊與俱樂部一百多名成員一起參加了紅尖角爬山運動。
他和伯爾尼大學化學系畢業的一個德國人以及同校醫學院的一名瑞士學生一組，三人共同拉着一條纜索，向上攀登。
這個地方高峻陡峭，攀登十分不易，隨時都有可能發生危險。年輕的朱家驊憑着一股冒險精神，興奮地向上攀登，完全沒有預料到危險正向他們襲來。
當他們爬到一個特別陡峭的崖壁時，朱家驊後面的瑞士學生腳下一滑，身體離開崖壁，懸挂空中，拉着一條纜索的三人便同時向下跌落，跌落到150公尺的深澗邊沿時，被石頭擋住。
結果，德國人當場死亡，瑞士人身受重傷，朱家驊亦昏迷不醒。
朱家驊與瑞士人被送入醫院急救。朱家驊蘇醒后，在醫院住了近兩個月方才痊癒。
在朱家驊等三人遇險的次日，瑞士與法國報紙，都報道了三人同時死亡的消息。儘管有人知道朱家驊與瑞士人被送進了醫院，但人們都沒料到這兩人會有生還的希望。最後，瑞士學生落下終生殘疾，只有朱家驊痊癒后毫髮無損，實在是個奇迹。
10月份，朱家驊轉學到沮利克大學，1920年3月，又轉回德國柏林大學，仍專攻地質學。5月，朱家驊隨系主任到赫茲山做地質旅行，在奧格河谷撿到一塊石頭，帶回研究室分析，作為博士論文題材。
1921年5月，仍在準備論文的朱家驊，聽聞德國正準備派船到海參崴，接運西伯利亞的俘虜，經打聽，得知船務由德國外交部專員范而德負責。朱家驊立刻跑到德國外交部拜見范而德，請求道：
“我收集了一批圖書儀器，一直放在大使館，等待機會運送到中國，供北大使用，希望能搭您個便船。”
范而德一聽來了火氣，拍着桌子怒斥道：
“你們中國忘恩負義，對德宣戰，還想要我們替你們把物美價廉等於撿來的圖書儀器，偷運出去！”
此時德國因戰敗，物價飛漲，馬克大幅貶值，德國人民生活陷入窮困之中。而中國留學生以強勢的外幣換取弱勢的馬克，佔了很大便宜，朱家驊更是得到長兄朱祥生的資助，生活富裕，不久前剛到維也納、匈牙利、捷克等國暢遊。
聽了范而德的話，朱家驊十分氣憤，待范而德說完，朱家驊開口說：
“范而德先生，現在輪到我說話了吧？”
范而德一愣，朱家驊即模仿范而德狠狠一拍桌子道：
“山東半島和青島等地，從來就是我們中國的國土，你們德國人強佔了幾十年，那就是說你們德國帝國主義者侵略了中國幾十年，中國可沒還手。這一次，我們中國雖然對你們德國宣戰了，目的也只是想收回國土或者保住國土，並沒有出一兵一卒打你們，事實上中德兩國，並沒有直接衝突。況且，中國人還是寬宏大量不念舊惡的，對德國始終寄以很大的同情，對於現在中國的德僑，依然十分優待，毫無侵侮，難道中國錯了嗎，對不起你們嗎？”
一番話，說得范而德啞口無言，無以駁斥，只好緩和了口氣說：
“好，好，我替你運，而且免費。”
於是，80箱圖書儀器，被順利運往中國北京。
事後，范而德曾對同僚說：
“一個國家不能打敗仗，打了敗仗，連一個外國學生，也可以跑到我外交部來拍桌子教訓人！”
朱家驊也對本國同學說：
“得理不讓人，是沒錯的，對外國人尤其如此。你不開導他，他永遠不知道自己理虧。個人可以謙讓，國家可不能謙讓！”
1922年10月，29歲的朱家驊獲德國柏林大學博士學位，留德國進行研究工作。此間，朱家驊結識了一批旅歐華人，如顧維鉤、徐志摩、梁啟超、張君勵、徐悲鴻、李四光等，對他以後的政治生涯頗有影響。
二、貴人相助，以學者從政
1.領導“首都革命”
1924年，朱家驊回到北京，在北京大學任地質系教授兼德文系主任。
此時正值國民黨一大在廣州召開之後，國共開始第一次合作，而北洋軍閥仍在混戰之中，朱家驊隨即參加了北大圖書館主任、國民黨北京執行部組織部長李大釗領導的學生運動。
1925年五卅運動爆發后，朱家驊指揮北京學生全體罷課，示威遊行，聲援上海學生的愛國運動。10月26日，朱家驊領導北京學生數千人在天安門舉行關稅自主大會，要求取消不平等條約。11月28日，朱家驊和顧孟余等指揮學生、工人舉行反對段祺瑞政府的國民革命大示威運動，即被稱為“首都革命”的著名事件。
對於這次示威活動，上海《民國日報》以《北京之國民大會》為題進行了詳細報道：
“其主要領導人是北京大學教授朱家驊。參加者除了學生之外，還有‘工人車夫苦力’等。下午1時北京學生、工人、市民約5萬人在神武門舉行國民大會，大會主席朱家驊報告大會宗旨，即‘推翻軍閥卵翼下之賣國政府’。會後群眾即整隊出發赴執政府，迫段祺瑞下野。
遊行隊伍以上書‘首都革命’的大紅旗為前導，工人、學生多手持木棒、長板等武器，沿途高呼‘收回關稅自主權’、‘建設民眾政府’、‘驅逐段祺瑞’等口號。遊行隊伍到達吉兆衚衕段祺瑞住宅時，因有國民軍守衛，未能進入段宅。群眾當即開大會議決：‘對外極力謀國際平等地位；對內保證人民生命財產之安全及言論集會之自由；召集國民會議產生正式政府。’
遊行群眾隨後分赴教育總長章士釗、財政總長李思浩、交通總長葉恭綽以及執政府秘書長梁鴻志、曾毓雋等人住宅，將雜物搗毀，同時縱火燒了京警總監朱深的住宅……”
1926年2月，馮（馮玉祥）奉（奉系張作霖）戰爭拉開序幕，3月12日，日本軍艦駛入大沽口，炮擊馮玉祥的國民軍；16日，日本以國民軍破壞《辛丑條約》為由，與簽訂《辛丑條約》的八國公使，向段祺瑞執政府發出最後通牒，要求拆除大沽口國防設施，並集各國軍艦於大沽口，以武力威脅北洋政府。
八國的最後通牒激怒了中國人民，在朱家驊、顧夢余、王世傑等人的發動組織下，3月13日起，北京開始爆發大規模學潮，反對日本要求國民軍撤出大沽口。
3月18日，眾多學生聚集在執政府門前廣場，列隊請願，廣大市民也紛紛加入其中。在這次請願中，執政府衛隊開槍射殺請願群眾，造成46人死亡，近150餘人受傷，釀成歷史上著名的“三·一八慘案”。
當時段祺瑞在家中養病，沒有去執政府，究竟是誰下令開槍，不得而知。段祺瑞得知慘案發生后，異常震驚，立刻下令嚴懲兇手，接着趕到事故現場，面對死者，長跪不起。他哽咽着宣佈自己將終身食素，以示懺悔。
但無論如何，“三·一八”慘案發生后，執政府已喪盡民心。1926年4月20日，段祺瑞通電下野。
段祺瑞政府垮台前，《臨時執政令》發佈對徐謙、李大釗、李石曾、易培基、顧孟余等人的通緝令，朱家驊也在黑名單之列。段祺瑞政府垮台後，奉系張作霖進京，在北大展開搜捕，26日凌晨4時北大教授邵飄萍被押往天橋處決。
朱家驊以及北大代校長蔣夢麟等人則躲入東交民巷，在六國飯店密商離京事宜，隨後很快潛出北京，朱家驊回到浙江原籍躲避風頭。
此時張靜江、戴季陶均在廣東參與北伐工作，戴季陶因身體虛弱，正好回老家浙江吳興休養。作為老鄉，戴季陶原本對朱家驊十分賞識，此時更是有意提攜，因而介紹朱家驊南下廣東，在石井兵工廠當秘書，不久又助鈕永建、葉楚傖創辦全國最高學術研究機關“中央學術院”。
“中央學術院”是孫中山提出設立的，乃中研院的前身。也就是從這時起，朱家驊與中研院結下了不解之緣。
2.整頓中山大學
1926年7月，廣東國民政府發佈《北伐宣言》，國民革命軍誓師北伐。
當時，國民黨有兩所學校為革命培養人才：武有黃埔軍校，文有廣東大學。
廣東大學同黃浦軍校一樣，亦為孫中山所創立。為紀念孫中山，廣東國民政府於10月將廣東大學改名為中山大學，並任命戴季陶為中山大學校長。
廣東大學實際上是由省立高等師範等幾個專科以上學校拼湊而成，其中還包括私立醫學校。這些學校分散在全省各地，各自為政，猶如一盤散沙。
“中山大學法科不守法，醫科不學醫。”
這是出任校長之前戴季陶對中山大學的評。正因為此，患有神經衰弱的戴季陶，最初拒絕出任中山大學校長，不想收拾這個爛攤子。后在國民政府、中山大學師生的一再請求下，戴季陶提出了三個要求：
一、以顧孟余為副手，並要朱家驊同去；
二、解散學校，從新改組，也就是從四年級到一年級全體學生重新甄試，依成績編班；
三、中山大學暫停校長制，成立整理委員會，戴季陶為委員長，顧孟余為副委員長，朱家驊為委員。
以上三個條件被全部接受后，戴季陶才來到中山大學，與顧夢余、朱家驊等人開始了整頓工作。整理委員會委員還有徐謙、丁惟汾等人。
四個半月後的1927年3月1日，中山大學復學。在復學典禮上，朱家驊發表講話：
“委員會成立之初，就想到幾點，就是要使大學辦得好，成革命化的、科學化的，並且使革命早日成功，基礎牢固，不致被反革命派搶去。幾個月來，我們時時刻刻都設想種種法子，總要使這個革命的中山大學，成為與革命的社會結合的大學。
“可是，我們遇到的困難也不少：
“第一，中國人才根本缺乏，現在比辛亥革命以後，雖則人才多了些，但細細考察，仍然是十分缺乏的。
“第二，委員會成立以後，中央黨部和政府便北遷武漢，許多已聘定了的人才，都給他們帶去了。
“第三，有許多已聘定的在其他地方的人才，也因中央北遷，給中央吸了去，不能南下。
“第四，因為革命勢力發展到了長江流域，武昌也設中山大學，南昌也設中山大學，這麼一來，將來雖可多些合作的團體，而目前卻使這個聘人的困難，加深了一層。
“第五，革命的大學，並不是可以隨隨便便的，不能拿那些只知道科學而在學術上有貢獻的人物，隨便可以聘請的。我們對他們的思想，也要特別注意，切不可以使革命的大學，被反革命分子佔了去。因此，有些學者，學術雖好，因不合思想條件，也只好捨去了。”
誠如朱家驊所說，整理委員會成立不久，顧孟余、徐謙、丁惟汾便隨北伐軍北上，戴季陶也離開，先去廬山後去日本，整頓工作全部落到朱家驊一個人身上，在中山大學負實際責任的，也只剩了朱家驊一人。
四個半月來，朱家驊獨自挑起大梁，大刀闊斧地整頓校務。他將全體學生重新考試分級，淘汰了200多人，將教職員400餘人全體解聘，重聘70多人，其餘聘請名教授，其中包括魯迅、傅斯年、何思源、顧頡剛、楊振聲、許德珩等人，使中山大學面貌煥然一新，秩序井然。
朱家驊牛刀小試，便表現出不凡的魄力與才華，令戴季陶十分高興，知道自己沒有看錯人，對朱家驊更加倚重。這為朱家驊日後躋身政壇、飛黃騰達奠定了基礎。
戴季陶與蔣介石是結拜兄弟，關係密切。對朱家驊來說，得到戴季陶的賞識，便等於拿到了仕途通達的通行證。
時值大革命運動迅猛發展，但國共合作已現裂痕，思想鬥爭、政治分歧日趨激烈。1927年4月，蔣介石在上海發動“四·一二”反革命政變，李濟深、錢大鈞、朱家驊等人遙相呼應，在廣東也組織“清黨”，製造了廣東地區“四·一五”反革命事件，搗毀並關閉工會、學校等機關200多個，逮捕和殺害共產黨員和工人積極分子2000餘人。
“清黨”后，廣東省政府改組，在戴季陶的舉薦下，朱家驊升任省黨部常務主席、省府委員、廣東政治分會委員、民政廳長、教育廳長兼中山大學副校長。
由此，朱家驊以學者身份登上了政治舞台。
3.在粵“好管閑事”
朱家驊以一介書生執掌廣東民政后，工作上兢兢業業，勤勤懇懇，在不到半年的時間裏，制定並執行了幾項人們意料之外的政策。
朱家驊首先制定實行地質調查及土地測量，並設立了兩廣地質調研所，自任所長，又與中山大學地質系研究所合作，共同進行兩廣地質調查工作。尤其難得的是，該所派遣調查團調查西沙群島時，帶回了珍貴資料，使國人開始了解西沙群島。
其次，朱家驊實施戶口普查，這是庶政之本。
第三，朱家驊提倡婦女放足運動，倡導婦女放棄束胸纏足的行為，此項政策引起嘩然一片。
在時人觀念中，婦女束胸纏足乃天經地義之事，沒有任何不妥。但朱家驊卻說：
“這是殘害婦女同胞、妨礙國民健康的陋習，也是國民黨應革命的對象！”
朱家驊的同僚、陳紹賢曾在《傳記文學》雜誌所主編《專題人物——朱家驊》的座談會上，講到朱家驊的此項政策，他說：
“騮公任廣東省民政廳長時所實施的民政改革事項，諸多順利。只有一項曾受部分言論界的非議與反對，那就是通令各縣市長推行‘勸導婦女解放束胸’運動。這一通令發佈后，引起社會上的嘩然。反對的呼聲大都是：‘干涉婦女個人的生活習慣’、‘洋派作風’、‘好管閑事’等等。因之，各縣市長初多觀望。
“民政廳經一再解釋此種勸導運動，旨在維護婦女們的健康，也有利於對嬰孩之哺乳。且從長着想，事關民族健康，並非美觀與否的問題。騮公並派員分赴各縣市協助推行此種運動。後來各地有識婦女，首先響應，也蔚成了風氣，民間因感受其益，曾有以民政廳解放束胸解放纏足是另一項辛亥革命的歌謠，風行一時。”
朱家驊任內做的第四項工作，便是一口氣更換了廣東半數縣市長，這個過程僅用了不到兩個月，令人瞠目結舌。
但即便朱家驊展開了一系列工作，取得了一定成績，但他仍感到力不從心。廣東政局十分複雜，政治措施掣肘頗多，朱家驊作為一介書生，在廣東政界沒有根基，因此深感勢單力薄。
就在此時，廣州發生了“張黃事變”，朱家驊更加無法立足廣東。經張靜江相助，他於1927年11月調浙江省任民政廳長。但廣東各職仍兼任長達三年之久。
其實，早在這年夏天，浙江省政治分會主席何應欽便發表朱家驊為浙江省政治分會委員、浙江省政府委員兼農工廳長。當時，朱家驊沒有同意，選擇留在廣東。與此同時，大學院院長蔡元培聘請朱家驊為中央研究院籌備委員，他則一口答應。可見朱家驊對學術工作的熱衷。
朱家驊離開廣東后，於11月22日在上海晉謁了蔣介石，蔣介石知道他不太情願到浙江上任，便力勸他“到浙江接事”，並和他談起對家鄉的建設。
也就是從這時起，朱家驊開始了與蔣介石的直接往來。
12月10日，朱家驊在杭州接任浙江省民政廳長。當時，浙江省政府主席是張靜江，張靜江鼓勵朱家驊在政治上大刀闊斧，將從民初至軍閥混爭時期留下的政治人物全部清除，自縣長以迄縣政幹部尤其是作為政治工具的警察官員，全部啟用新人，以便全盤掌控。同時張靜江承諾給予朱家驊全力支持，這就為朱家驊“推行新政”帶來諸多便利。
從廣東的“勢單力薄”，到浙江的“貴人相助”，雖同是執掌一省民政，但朱家驊的處境和心境大為不同，此次朱家驊感到勝券在握，誓要在浙江搞出點名堂來。
4.執掌浙江民政
朱家驊是受過系統教育的留洋博士，平日裏雖有些自命不凡，但對於有聲望的社會名流，仍能夠虛懷相處，因此人緣甚好，對他在浙江“推行新政”整頓吏治產生了頗為有利的影響。
朱家驊一方面在同學和朋友中物色政治助手，因人授事，量才適用，為此特地組織“北大同學會”，以聯絡北大校友，擴充實力。另一方面推舉省里有社會影響的頭面人物，或有學術地位的權威人士充任民政廳高級名譽顧問，以樹立自己尊賢敬老的形象。
將舊官場上官員全部從民政廳撤換之後，朱家驊開始了第二步的行動：進行縣長考試。他在1928至1930的任期內，先後三次舉辦縣長考試，選拔人才。
縣長考試標準相當苛刻，除“才學”外，還重視“儀錶”和“辯鑒”。“儀錶”和“辯鑒”只有通過面試和口試才能考核，而最後錄取與否，起決定作用的也在於面試與口試。考生筆試及格後方可參加面試和口試，面試和口試同時進行，朱家驊親自上陣，甄選人才。
與考試標準苛刻相對的，卻是報考者條件的放寬，只需有一定的學歷和行政經驗，不論年輕老少，均可報考。朱家驊此舉用意在於多中取才，沙裏淘金。
三次縣長考試，總共錄取近百人。每屆報考者有千餘人，錄取者僅二三十，以30歲左右青年居多。以大量青年出任縣長之職，在當時可謂絕無僅有，一時轟動全國。
朱家驊在任期間，浙江70餘縣大多換上了這批新縣長，使得縣政權力全部集中於民政廳，成為朱家驊執掌浙江民政的政績之一。
第三步，就是朱家驊一生中最擅長的——辦校。
朱家驊在任內辦了兩所學校：浙江省地方自治專修學校和浙江省警官學校，由朱家驊本人兼任兩校校長。
兩校均辦了三期，自治學校共培養學生五六百人，其中一大部分學生畢業后出任區長或自治指導員；警官學校為整頓和掌握全省警察實力而設，其畢業生均以縣警察局長、分局長和警佐任用。辦校兩年後，朱家驊通過這兩所學校培養的人才，紛紛投入革命之中，勢力遍佈全省。
朱家驊還組織新政考察團去河南、山西考察，回來后仿效山西做法實行“村裡制”，並寫成《御村制》加以說明。
此外，朱家驊實行清查人口、划編街村組織；改組縣政府組織體系，以大小等級限定固定員額，以革除浙江省以往冗官冗員的積弊；整頓警政、辦理土地陳報、清查全省土地、確定產權、編製地籍賬冊，以為地方財政基礎。
由於浙江地少人多，朱家驊還組織浙江人民往東北移民。但由於大多數被移民者難以適應東北氣候，不久便紛紛逃了回來，移民之事最後不了了之。而朱家驊通令各縣實行的積穀備荒、興辦團練、普及衛生、禁止溺嬰、整飭吏治等一系列“新政”，在短期內很難見到效果。
但朱家驊在張靜江的支持下，在浙江創立了這些新政，成為中國現代化民政的楷模。
對於朱家驊的政績，十年後出任浙江省民政廳長的阮毅成表示了肯定和欽佩，他說：
“……十年後，我奉命擔任浙江省委員兼民政廳長，乃知浙江地方自治與警政地政之基礎，蓋無一不由騮先生於其任內所奠定。每檢閱舊卷，見其手批案牘，其規模之宏達，思慮之周密，立法之至公至正，用人唯賢唯才，均躍然紙上。
“十年之間，雖民政廳已數易其長，而我卻深得蕭規曹隨之便……”
三、仕途通達，出任封疆大吏
1.中央大學校長
1929年3月，朱家驊出席了國民黨“三大”，當選為中央執行委員和中央政治會議委員，一躍而成為國民黨中央大員，從此開始參與國民黨統治的中樞活動。
然而，就在朱家驊春風得意躊躇滿志的時候，不意中遭致重創。
1930年浙江省全國代表大會選舉時，朱家驊憑藉在浙江經營多年，黨羽眾多，聲望日隆，幕後操縱使其親信佔據黨部候選人名額的三分之二，引起CC系的強烈不滿，結果在權力爭鬥中被CC系擊敗，致使選舉失敗。
這還不算什麼，對朱家驊來說，更為失敗的是，他與老靠山張靜江發生了衝突。此次選舉浙江省黨部委員時，張靜江向朱家驊推薦了幾名候選人，朱家驊卻予以回絕。張靜江大發雷霆，當面指責朱家驊說：
“沒想到你如此忘恩負義，勸你不要太得意忘形！”
兩人隨後分別向戴季陶訴苦，戴季陶趕緊從中調解，無奈衝突已經形成，兩人關係終至破裂。如此一來，朱家驊在浙江已無法立足，只好忍痛離開苦心經營數年的浙江，於1930年9月辭去在浙江的全部職務，前往廣東接任戴季陶轉讓給他的中山大學校長一職。
朱家驊遭此重挫，心中無比沮喪。然而在中山大學任職剛剛兩個月，突然間峰迴路轉：中央大學校長張乃燕去職，中央改派朱家驊出任中央大學校長之職。
對於中央在如此短的時間內，先讓朱家驊出任廣東大學校長，旋又任命中央大學校長，戴季陶高興之餘，頗為疑惑，曾親問蔣介石原因。
蔣介石的回答很簡單：
“我就是要朱家驊到南京來。”
戴季陶點點頭，心中明了，他由此話推測蔣介石要朱家驊來南京的原因有二：
第一是朱家驊整頓中山大學有成績有經驗，要他來辦好中央大學；
第二是黨政中央，亟需人才，尤其是朱家驊這類有現代學養有政治才華的年輕領導人才，所以急調他來中央。
12月中旬，朱家驊來到南京，就任中央大學校長。他重振精神，決心在政治上東山再起。主持校政后，他首先提出在學校進行政治訓練的方案，提議實施軍訓，設訓育員以限制和監視進步師生的言行。此舉很快傳到蔣介石耳中，蔣介石十分滿意。
朱家驊又在題為“中國大學教育的現狀及應行注意各點”的報告中，指責現行大學之缺點，闡明了對大學教育改革的觀點，頗得各方讚譽。同時利用留學德、奧、瑞三國同學會的組織，拉攏各界學者名流為自己捧場，並在南京《新中華日報》上製造輿論，樹立聲望。
朱家驊調任中央大學校長后，和戴季陶的關係更加密切。戴季陶經常在蔣介石身邊，為其出謀劃策，順便多次向蔣介石介紹吹捧朱家驊，使得蔣介石對朱家驊越來越重視，此後一直對朱家驊委以重任。這也為日後戴、朱一派勢力能夠與“CC系”並駕齊驅，成為蔣介石得力助手奠定了基礎。
蔣介石為了軍事需要，長期從國外聘請軍事顧問。朱家驊通過他在德國的關係，為蔣介石聘請了多位德國軍事顧問。
早在1927年，張靜江擬請德國專家設計一個大兵工廠，朱家驊便從德國請來鮑樺爾上校。鮑樺爾帶着《中國陸軍計劃書》來到上海后，朱家驊陪同他去拜見蔣介石，並擔任翻譯工作。隨後，鮑樺爾被蔣介石聘請為軍事顧問。
1929年鮑樺爾逝世后，朱家驊又從德國請來西戰場作戰局長佛采爾將軍，並陪他趕赴江西內戰前線拜見蔣介石，蔣介石立即聘其為軍事顧問，協助“剿共”。
後來德國前國防部長塞克特將軍退休，朱家驊奉蔣介石之命，聘請他來中國擔任德國軍事顧問團總顧問。
德國軍事顧問團在中國存在了長達十年之久，對蔣介石的“軍事建設”起到了重要作用，而朱家驊在其中參與謀划，進一步贏得蔣介石的信任。
2.首任教育部長
1931年9月18日晚，日本關東軍突襲了東北軍駐地北大營，同時包圍了瀋陽城。東北軍參謀長榮臻，在蔣介石不抵抗政策主導下，命令北大營官兵不得抵抗，刀槍入庫，殺身成仁，為國捐軀。於是，8000名東北軍將士，面對衝進北大營的500多名日軍，除了少數官兵違背命令，奪取了一些槍支進行抵抗外，大隊士兵撤退，其他原地待命的士兵，均慘遭日軍殺害……僅僅幾個小時后，瀋陽淪陷。
“九·一八”事變的爆發，激起全國人民抗日反蔣怒潮，學生運動隨之再起，全國各地學生紛紛赴寧請願。10月底，南京請願學生擁入中央大學，進行抗日宣傳。
對於學生的愛國熱忱，朱家驊不忍苛責，畢竟他曾是學生遊行示威的組織領導者，但他心中仍頗為不安。
有一次中央大學學生代表去中央黨部請願，要求見蔣介石，正好天下大雨，蔣介石不在，由秘書長丁惟汾代表接見。丁惟汾見學生們淋着雨，自己雖然已50多歲，也拒絕打傘，冒着雨，挺立着身軀，向學生們講話，結果在學生前列發現了朱家驊的身影。
原來，朱家驊擔心學生們請願鬧出事端，因此悄悄跟隨，也在雨中聽丁惟汾講話。關於這件小事，很少有人知道。
同年年底，朱家驊被提升為教育部長，於1932年2月20日正式到職。
作為擁有多年辦學經驗和成果的留學博士，朱家驊完全能夠勝任教育部長一職。但就朱家驊個人來說，掌管全國文教是一個新的起點，新的挑戰，他因而躍躍欲試。他的一個信條就是：
“我們教書的今天參加中樞政治，至少要為文教方面做點事。”
出任教育部長后，朱家驊着手實施的大項目有十幾項，簡單概括為：
一、推行義務教育；
二、整理中學教育；
三、注重師範教育；
四、注重職業教育；
五、注重專科教育；
六、整理大學教育；
七、推行蒙回藏教育和華僑教育；
八、推行青年及成年補習教育；
九、厲行國民體育；
十、推行電影和播音教育；
十一、增設並充實各地圖書館；
十二、籌設中央教育館；
十三、改良課程；
十四、充實教學設備；
十五、注重訓育；
十六、厲行考試，實行中小畢業會試，大學畢業也嚴加考試，使與國家及企業用人相連結，國外大學畢業回國者，也應由國家舉行甄試，及格者，授予國家學位。
朱家驊一貫倡導西學，注重教育改革，目的為促進中國教育制度現代化。他認為，高等教育“應求充實，勿事鋪張，必須提高研究學術之程度，並注意於實用人才之培植”，中等教育“應切合社會需要，救濟國民生計”。
朱家驊為倡導學術自由，提攜年輕後進，頒佈了一系列教育法規和章程，制訂了《小學法》、《中學法》、《職業教育法》、《專科教育法》、《師範教育法》等，均為國家教育基本大法，並於1932年12月26日通令實行。
為掃除文盲，朱家驊發起識字運動，推行四年制義務教育，稱為“短期小學”，以10歲到16歲的失學兒童為對象，限定認字一千五百字，每天授課兩個小時，學制一年。
朱家驊還積極派遣留學生，於1933年夏天舉辦第一屆留英學生考試，往後每年一次，共舉辦了九屆，選拔了不少人才出國深造。
教育部的這些活動，需要龐大經費支持，而這筆經費，卻由鐵道部支應，不能不說是一件怪事。
朱家驊早在1931年，曾在國民黨中央全會提議設立國立編譯館，雖獲得通過，但一直沒有實行。出任教育部長后，朱家驊重新拿出這個提案，打算將其付諸實踐，卻苦於經費無着。這時，朱家驊想到編審處。
編審處從北洋時代便已存在，專審教科書，常遭人非議。朱家驊決定將其併入編譯館，原編審處的預算便成為編譯館的預算，但也只有一千五百元。
在行政院院會席上，院長汪精衛就提道：
“一千五百元，怎麼辦事？”
朱家驊則表示：
“沒辦法，只好先成立了再說。”
會議席上，鐵道部是比較富裕的部門，部長顧孟余沒到，由次長曾仲鳴代表，汪精衛就問他：
“鐵道部能夠多少幫助點嗎？”
曾仲鳴想了想答道：
“勉強可以幫助五千元。”
曾仲鳴回答后，案子立即獲得通過。
曾仲鳴當時的意思是一次性的幫助五千元，但並未說明是一次性的。散會後，朱家驊便親自跑到鐵道部，找到顧孟余說：
“我們教書匠今天參加中樞政治，至少要為文教方面做點事。這不是我今天主持教育才說這種話，希望鐵道部把這五千元改為按月的補助。”
顧孟余和朱家驊曾同在北大教書，後來又在中山大學重逢，兩人在教育學術方面頗有淵源。顧孟余被朱家驊一番話打動，經與鐵道部同僚商議后，很快便給朱家驊去信表示同意。
就這樣，國立編譯館成立后，每月能夠獲得六千五百元經費。
此外，朱家驊還曾在行政院會議上提議設立國立中央圖書館，決定首先選印《四庫全書》中的無刊本等部分，交商務印書館辦理；不久又提議設立國立中央博物院。
3.危難中主政浙江
朱家驊在教育部長位置上只坐了一年，1933年4月，中央發表王世傑接替朱家驊出任教育部長，朱家驊則出任交通部長，直到1935年12月卸任。
1936年夏天，蔣介石有意任命朱家驊為湖南省政府主席，卻被朱家驊拒絕。朱家驊在交通部長任上時已對政治產生厭倦心理，希望從事學術工作。而早在這年春天，中央研究院院長蔡元培聘請朱家驊兼任總幹事，正合朱家驊心意，朱家驊因而欣然接受。
10月，蔣介石又任命朱家驊為浙江省主席，朱家驊因志不在此，於28日飛往洛陽，當面向蔣介石報告說：
“委員長，我已接了中研院的事，希望您能准許我去中研院工作。”
但蔣介石堅持要朱家驊出任浙江省政府主席。浙江是蔣介石的老家，蔣介石一向十分重視對這塊地盤的建設與經營，能夠任命朱家驊主政浙江，足見他對朱家驊的信任。
12月初，蔣介石再度電勸朱家驊主政浙江，並稱已將此項任命送交國民政府發表，朱家驊無奈，只好同意。
不想，朱家驊還沒有來得及去上任，便發生了西安事變！
12月12日，時任西北“剿匪”副總司令、東北軍領袖張學良和時任國民革命軍第十七路軍總指揮、西北軍領袖楊虎城，為達“停止剿共，改組政府，出兵抗日”的目的，在西安扣留了蔣介石。
朱家驊聞訊后，趕忙前往杭州上任，正式出任浙江省政府主席兼民政廳長，以免蔣介石被扣期間，浙江發生什麼亂子。不久，“西安事變”和平解決，蔣介石平安歸來。朱家驊心中總算一塊石頭落地，開始專註於政事。
六年前，朱家驊從浙江民政廳長的位子上出走廣東，正在躊躇滿志之時，心中自是耿耿於懷。如今不但“捲土重來”，而且一躍而為省政府主席，但朱家驊卻再也找不回當年的心境，加上此時浙江現狀不容樂觀，不僅財政困難，而且債台高築，積債達九千多萬元。
在此情況下，朱家驊沒有立即召回當年原班人馬擴充實力，而是事必躬親，聘請專家成立債務整理委員會，對財政進行徹底整頓。
按照中央命令，朱家驊首先建立了會計制度，開源節流，同時撤銷不合理的苛捐雜稅400多種。還建立了蠶桑研究所、昆蟲局、音樂館，加強圖書館，修建國防公路，代付醫院傷兵用費270多萬元。
在極短的時間內，浙江省面貌驟變，各處展現出一派生機勃勃的景象。到1937年年底，省政府進行年終決算，各縣均有剩餘，省政府的結餘也有一千多萬元。
在整頓財政的過程中，朱家驊秉承蔣介石的旨意，注重對民眾的組訓工作，為團結抗日做準備。
待一切步入正軌，朱家驊也開始將從前在浙江的老班底召回，搭好衙門架子，準備大顯身手。
然而就在這時，“七·七事變”爆發了。蔣介石雖調兵遣將，奮力抵抗，但面對武器裝備先進的日軍，終無法逃過連連戰敗的命運。7月末，平津相繼陷落。8月13日，日軍對上海發動大規模進攻。
“八·一三”淞滬會戰爆發后，朱家驊積極為上海前線補充兵源，支援物資，並撥款成立了24個傷兵醫院。他日日夜夜堅守崗位，隨時接受請示，立即決定相應措施，大大提高了行政效率。
10月中旬，上海戰場已苦撐兩個月，形勢危機，杭州上空也經常出現日機，盤旋不去。朱家驊有一次在西湖孤雲草舍召開軍政會議，日機飛至草舍上方，遲遲不肯離去。與會人員請朱家驊變更開會地點，朱家驊卻笑着搖搖頭，毫無懼色。一介文人，竟有如此膽識，與會人員皆敬佩不已。
晚飯後，朱家驊對左右說：
“文人膽識，有時候並不亞於軍人。如此非常時期，不鎮定何以應付變局！”
4.抵制焦土抗戰
隨着戰火蔓延至浙江，11月5日，日軍在錢公亭登陸。杭州守軍第十集團軍第六十三師，為阻止日軍前進，打算掘毀錢塘江堤，以江水攔截日軍。然而一旦決堤，浙江的杭州、嘉興、湖州，江蘇的蘇州、常州、鎮江、松江、太倉一帶，都將立刻被江水淹沒，勢必給國家和人民造成巨大損失。
朱家驊得知此事後萬分驚異，立刻下令停止決堤，同時致電蔣介石，懇請嚴令制止決堤。蔣介石經過一番權衡之後，批准了朱家驊的請求，這才保住了兩省七八縣人民生命財產的安全。
11月14日，國民黨軍隊撤出了嘉興，杭州一片混亂，中央、中國、交通、農民四銀行職員置三四百萬銀元不管，全部逃命而去。
朱家驊聞訊大怒，嚴令四銀行負責人返回杭州料理撤退，隨即為四銀行撤退準備了交通工具，並派警察護送，使四銀行儲備完整無缺地撤出杭州。
11月20日，軍政部派員運來兩噸炸藥，限令炸毀錢塘江大橋。錢塘江大橋是疏散人員及物資的主要通道，一旦炸毀，將使尚未撤出的物資和人民的生命財產遭受巨大損失，朱家驊對來人說：
“這橋建造的時候，早已準備了安置炸藥的地方，隨時可以炸毀。不過現在正是疏散物資與人員的時候，大橋是主要動脈，無論如何不能馬上破壞，一切責任由我主席負擔。”
朱家驊同時電告上級部門，要求延緩炸橋。
在朱家驊的努力爭取下，炸橋計劃推延至11月23日方實行，而此時，軍民已經撤退完畢，朱家驊又為浙江人民立下一功。
朱家驊雖然竭力保護了浙江人民生命財產的安全，但面對杭州此時的混亂，作為文人主政的朱家驊，卻顯得有些束手無策。
例如，此前一些國民黨軍政人員，為保全身家，與上海漢奸聯絡，進行投敵活動，攪得浙江省政局更加混亂不堪，朱家驊無力阻止；日軍尚未攻佔杭州，省市所屬各機關要員便紛紛放棄職守，以保全身家為計，省會警察局長甚至主張全市所有機關撤崗，朱家驊亦無以為對。
蔣介石將一切看在眼裏，認為此時應該啟用軍人主政，於是改組了浙江省政府，派桂系首領黃紹竑前往浙江接替朱家驊的省主席職務。
蔣介石的任命下達后，浙江省政府進行最後一次會議，各廳長、處長按照慣例做出決議：送朱家驊五萬元政費。朱家驊卻惱怒道：
“如今國難當頭，要我公開收取五萬元‘卸任費’，豈不貽笑天下！”
廳長們趕緊解釋說：
“歷屆主席離任都是如此，請主席不要推辭。”
朱家驊態度不變，嚴詞拒絕道：
“我作為一介文人，對戰亂無能為力，保全自己的名聲還是可以做到的。如此慣例，實在是陋規，必須革除！”
拒絕了卸任費，朱家驊便在杭州等待黃紹竑，準備辦理交接。
12月初，黃紹竑抵達金華，隨行的是他在沿途中收容的廣西軍隊三千多人。當時，浙江省政府已遷至金華，黃紹竑以為朱家驊會在金華辦理移交。因而一到金華，便問前來迎接的當地行政督察專員阮毅成：
“朱主席是否已來金華，準備何時辦理移交？”
阮毅成回答說：
“朱主席還在杭州，恐怕要在杭州辦理移交了。”
黃紹竑聽後有些詫異，流露出不太相信的表情。如此戰亂之中，省政府都搬到了金華，朱家驊一介文人怎可能留在杭州？阮毅成只好重複一遍，黃紹竑這才說：
“他能在杭州等，我當然也可以去杭州接。”
12月6日，黃紹竑乘坐專車抵達杭州，對膽識過人的朱家驊已是另眼相看。
朱家驊辦好交接后，決定9日離開杭州，因為此時他心裏還有一件大事放不下，他要把這件大事安排妥當才能離開。
原來，早在11月24、25日間，朱家驊便聽說政府準備焚毀杭州城，實行“焦土抗戰”政策。對此，朱家驊表示強烈反對，他不止一次地對部下說：
“外面焦土抗戰的風氣很盛，一旦杭州撤退時，你們一定要防止！”
11月底，杭州紳士金潤泉等人向朱家驊報告，說已有人在杭州街上劃下區域記號，貼上標籤，準備了火油、木材等縱火材料，準備火燒杭州。朱家驊聽后心急如焚。
離開杭州前，朱家驊特地再一次召集杭州市長周象賢、省會警察廳長趙龍文、省府委員羅霞天、保安處長宣鐵吾等四人，對他們說：
“我已經去市區了解過，確實有上海派來的別動隊準備火燒杭州，‘焦土抗戰’恐怕勢在必行。因此杭州撤退的時候，你們一定要盡全力阻止放火，杭州就靠你們了！”
朱家驊嘆了口氣，又緩緩說道：
“一個地方不得已失守，這個地方上的人民財產還是我們中國的，我們總有一天會回來，我們如果將城市一把火燒掉，受損失的還是我們中國人。”
不久，杭州撤退時，黃紹竑果然下令火燒杭州。受朱家驊囑託的這些人，立即表示強烈反對和抗議，並說服眾人聯合阻止“焦土抗戰”。別動隊最終沒有動手放火，杭州城終於得以完整保留下來。
四、主持黨務，不忘經營文教
1.以學者身份辦黨
朱家驊卸任浙江省主席后，先赴武漢，後去重慶，在戴季陶的幫助下，很快在國民黨中樞佔據一席之地。他先被任命為國民政府軍事委員會參事室主任，其間，蔣介石曾囑託他組織一個智囊團，被朱家驊婉拒。
隨後，1938年3月，朱家驊改任國民黨中央執行委員會秘書長，兼黨務委員會主任委員，並按中常委決定，再兼中央調查統計局局長。7月成立三青團，朱家驊又被任命為幹事會常務幹事，不久兼代中央團部書記長並主持中央訓練團黨政訓練班三期。
1939年12月，朱家驊轉任國民黨中央組織部長，主管國民黨黨務。
朱家驊以學者身份辦黨，給國民黨注入了新鮮血液，形成了一些新風氣。對於朱家驊辦黨這段經歷，他的老部下甘家馨後來曾評價稱：
“我們這個黨，從民國二十五年開始變了質，變成了些派系，乃至變成一種官僚氣習，所以到抗戰開始以後，黨的風氣更是不振作。朱先生到了黨以後，就帶來一些新觀念和新作風。
“第一，他認為黨不是一個孤立的集團，而是一個社會團體，所以對外對內都不可以狹隘，應該採取開明的作風。
“其次，他認為黨不斷要有新血輸，才能造成黨的新生命。
“第三，他認為黨要社會化，最要緊的是要能和教育界文化界溝通，因為中國的社會結構，仍然是士人社會，而不是資本主義社會工業社會，黨若與教育文化界脫節的話，黨將完全沒有群眾基礎。所以，他極力地設法要使黨開門，讓教育界的人進來，使大學開門，讓我們的党進去。”
事實正是如此，朱家驊出任組織部長后，認為國民黨在知識分子方面基礎不夠雄厚，決心把黨務打進學校等知識分子集中的地方，於是在各大學設立國民黨黨部，先後發展了一批大學教授和學術界人士入黨。
蔡元培逝世后，朱家驊接任中央研究院院長，把整個北大系勢力全部包攬過來，所以國民黨認為，朱家驊任組織部長時期是“學人報國的最盛時代”。
另一方面，朱家驊以舉辦訓練班的辦法，網羅人才，僅1942年朱家驊就舉辦了三期黨務講習班，八期戰地黨務幹部訓練班，還選調各大學高年級女生舉辦“女子夏令講習所”，從中發現人才，培養骨幹。
朱家驊還將從戰區逃出來的青年，按文化程度分配到中學、大學。原來的大學生不僅可以繼續入大學讀書，朱家驊還為他們在機關里留有名額，可以領着薪水去讀書，如此便吸引了眾多人才。
當有同僚向朱家驊舉薦人才時，朱家驊總是秉公辦事，派人對被舉薦人進行調查了解，如確實為可用之才，必定派用。他還指示部下道：
“黨的工作人員，除了要重視他的歷史以外，更要提高他們的學術水準。”
朱家驊通過各種途徑，為國民黨輸送新鮮血液，尤其是知識分子，使其對國民黨信心倍增，同時朱家驊個人勢力也得到擴展。
2.與CC系相抗衡
朱家驊辦黨期間，在工作中遇到的最困難的問題，當屬拓展淪陷區黨務。淪陷區的黨組織在撤退時遭到破壞，人員傷亡慘重，即便平安無事的也失去了聯絡，因此需要慎重甄選有才能的人，派去淪陷區布建基層組織。
朱家驊大膽而細心地選拔人才，不斷派人去淪陷區，取得了較為可觀的成果。例如1938年5、6月間，朱家驊派人秘密前往河北、山東重建基層組織，同時令察哈爾省黨部委員派張季春策動偽蒙軍和偽蒙政府的人反正。8月派吳紹澍負責上海團務，派蔣伯誠、吳開先重組上海黨務。10月派林尹主持漢口市黨部。
其中，林尹曾在1941年4月25日在漢口被日軍劫持，並押解南京，敵人對其威逼利誘，想迫其加入偽組織，但林尹軟硬不吃，偽組織三次要殺他，他眼睛都不眨一下，連偽組織的人都頗為感動，便將他長期監禁起來。
朱家驊得知此事，給林尹拍了一封電報，幾經輾轉，終於送達林尹手中，電報稱：
“景尹兄鑒：得各方報告，吾兄堅決之志，忠烈之忱，令人震撼。生才不易，幸把握時機，以求大用，非萬不得已，勿作無謂之犧牲。”
這封電報，讓遭監禁的林尹十分感動。隨後，朱家驊對林尹展開營救活動，10月終將林尹救出。12月5日，林尹前往重慶拜見朱家驊，朱家驊喜極而泣，緊握林尹的雙手道：
“先聽說你出事了，我曾經通夜失眠。後來又聽說你決心一死，更是幾夜彷徨，無法安枕。你父親你叔叔，都是我的好友。假如你成仁了，我對不起我的好友，假如你苟且偷生了，我又對不起黨國。現在，你既不辱使命，又得生還，我最感到安慰，我現在真是欣喜欲狂了。”
此外，朱家驊還派羅大愚到東北佈置地下工作，取得了可喜的成績。朱家驊本人曾評價道：
“從二十七年（即1938年）起，派去陷區工作的人員中，以東北的地下工作最好，華北次之，華中又次之，到了華南就沒有了。”
朱家驊出任組織部長后，還有一項艱巨任務，就是與CC系相抗衡。
組織部是國民黨的要害部門之一，國民黨各省市黨部負責人都是由中央組織部提名，經蔣介石批准，再由中央常委會通過後任命的。本來黨務工作一直有陳果夫、陳立夫兄弟把持，二陳憑藉CC系勢力，協助蔣介石指揮黨務、特務系統，控制宣傳、文教、經濟等部門，深得蔣介石信任。
但戴季陶、于右任等國民黨元老對二陳長期把持中組部早有不滿，朱家驊就任中央秘書長、中央組織部長后，得到戴、於大力支持，在選用學術性人才的同時，還大力爭取國民黨內各派系力量，把丁惟汾的人，改組派的人都拉攏到自己一邊，甚至不得志的CC老將吳開先也進了朱家驊的圈子。
朱家驊通過培植個人勢力，建立起自己的獨立體系，排擠和打擊CC系。
陳果夫曾滿腹牢騷地說：
“朱騮先太不像話，怎麼單對我們的人開刀。而我們的人中也有些失節之徒跑到朱家，真是人心大變。”
到1944年，以朱家驊、戴季陶為首的派系力量，已足以與二陳的CC系相抗衡，因而被稱作“新CC系”。此時，蔣介石對CC系獨攬黨務大權、導致黨的腐敗現象發生心懷不滿，於是對朱家驊頗為器重，希望“新CC系”與CC系能夠互相牽制。於是兩派之間勾心鬥角，矛盾日益加深。
1944年5月，國民黨在重慶召開第五屆中央執行委員會第十二次全體會議，而此前幾個月，朱家驊要把下級黨部的選舉制度恢復起來，引起黨內部分人士不滿。CC系趁機挑撥是非，排擠朱家驊。
在此次會議上，朱家驊被迫將組織部長一職還給陳立夫，陳立夫則把教育部長一職讓給了朱家驊。11月，朱家驊再任行政院教育部長。
3.困境中拯救教育
朱家驊以學者從政，且位居中央部長，表面看來風光無限，其中苦楚，恐怕只有朱家驊自己知道。他性格耿直，容易樹敵，並不適合在爾虞我詐的官場行走。他曾私下對好友沈剛伯說：
“唉，還是你們做學問的好。我很後悔。現在，丟開學術太久，再回頭也難了。”
朱家驊雖未直接參与學術研究工作，但始終熱衷文教事業，無論在浙江省主席位上，還是主持黨務期間，都不忘“為文教方面做點事”。
抗戰爆發后，北方的大學和研究機構有的停辦、有的緊縮，在這些機構任職的學者專家只好南下謀生，生活陷入窘困之中。
時任浙江省政府主席的朱家驊發現這個問題后，為了保護國家人才，立刻安排人在雲南大學、重慶大學、廣西大學、四川大學、湖南大學等處分設講座，為教授們安排教席；同時另設科學研究補助金，使青年科研人員能夠繼續從事研究工作。
戰亂中，朱家驊不僅對學術研究人員加強保護，對國家文物同樣珍愛有加。
1937年11月，杭州淪陷前，在一片混亂中，朱家驊得知存放在南京朝天宮的一萬多箱故宮文物因經費不足而無法遷移，立刻向蔣介石報告此事，並致電南京衛戍司令唐生智，請求他設法安排交通工具和相關人員，火速搶運西撤，無論如何要保住這批國寶珍品；再電中英庚款董事會總幹事杭立武，要求撥墊運輸費用。
蔣介石對此事也尤為重視，立即令侍從室調集卡車，幫助搬運，同時令交通部次長於飛鵬準備輪船，發動文教人員，將一萬多箱文物以水陸兩路分別搶運到後方，寄存在貴州安順、四川樂山及峨嵋三處，使一大批珍貴文物免於落入敵手，為國家保存了一批稀世珍寶。
后了國民黨潰敗逃往台灣，在朱家驊的指揮下，這批文物又被運往台灣，現珍存於台灣霧峰。
朱家驊任中央組織部長期間，還發生過一位畫家在敦煌千佛洞臨摹壁畫的事件。由於這些壁畫是一層一層畫上去的，而這位畫家為了自己畫畫，竟畫一層后剝去一層，若任其如此臨摹下去，千佛洞裏的北魏、唐、宋、元、明、清歷代壁畫將全部毀於一旦。
有人將此事報告給朱家驊，朱家驊立刻寫信給河西走廊的黨務專員陳克中，令其設法會同當地專員公署，火速制止此事，最終使國家重寶得以保全。
朱家驊二任教育部長時，正是中國抗日即將勝利的時期，日軍在做垂死掙扎，進行“最後一擲”，其規模之大，在侵華戰爭期間空前絕後。
蔣介石、戰區指揮官以及美國駐重慶武官，皆對此始料未及，在國軍準備不足中，日軍向中原和西南相繼展開猛烈進攻。
首先是中原大戰，經過僅僅近40天，日軍便以五六萬之兵力，在有三四十萬守軍的河南境內攻城略地，連佔包括鄭州、洛陽、許昌等中原重鎮在內的城市38座，不僅打通平漢線，而且控制了河南境內隴漢線大部。
與此同時，日軍向長沙、衡陽發起猛攻，長沙、衡陽亦相繼陷落。
不久，日軍又發動了廣西戰役，先後佔領桂林、柳州，於1944年11月24日進入南寧，並派二三千人追趕國軍至貴州，一度令貴陽、重慶嘩然。
如此局勢中，廣大戰區學校和教育機構受到嚴重破壞，教職員和學生遭遇家破人亡、轉徙溝壑者眾多，怎樣救助這些學校和教育機構，如何安置這些教職員和學生，成為朱家驊二任教育部長後面臨的第一項任務。
對於朱家驊完成這項任務的經過和結果，他本人曾在1945年7月9日的第四屆國民參政會第一次大會中做了報告：
“本人到部第一天，正是貴陽吃緊的時候，於是‘應變’就是本人到部的第一件工作……在這些地區中，學校的遷移、員工的安頓，工作都非常繁劇。
“自本年一月至五月底止，教育部招致的戰區學生，已有三萬七千多人。六月份統計未齊，估計最少也有五千人。這些學生都要為他們分發學校，或設進修班，或收容於訓練所……”
在交通運輸極為艱難的情況下，隨着戰區不斷擴大，教育部幫助學校和教育機構不斷遷徙，有的學校遷徙次數多達七次；同時教育部發動無數教育工作者共同努力，最終將十萬以上教職員和學生以及若干萬噸圖書儀器成功轉移，使得中國寶貴的教育資產沒有在戰亂中毀壞，教育事業亦沒有因戰亂而停止發展。
4.組織文物大遷移
抗日戰爭勝利后，國民政府還都南京，朱家驊在重慶中央圖書館主持召開“全國教育善後複員會議”，根據朱家驊的意見，國民政府對教育問題頒佈了一些宣言和法令。
但隨着全面內戰爆發，教育經費面臨奇缺，致使中國教育事業支離破碎。全國各地學生“反內戰、反飢餓、反迫害”的運動興起后，朱家驊忙於在全國各地間奔波，予以壓制。
北大、清華鬧學潮時，朱家驊不顧兩校校長勸阻，帶秘書前往北平。在北大參加歡迎茶會後，朱家驊遇到北平師大聞訊趕來的300多名學生代表，在對他們言辭懇切的講話后，胡適又以北大校長身份責備他們說：
“朱部長今天是我們北京大學的客人，你們師大的學生到我們北大來虧待我們的客人，我們是不應許的。”
而南京各大學的學潮，由於總是聯合舉行，規模更加浩大。有一次，眾大學聯合起來，針對教育部而來，要求增加伙食費。
當時是早上九點多，以中央大學和金陵大學學生為首的多達幾千名學生加入的隊伍，持“朱門酒肉臭”的白布大旗，浩浩蕩蕩向教育部行進。
此時，教育部前後雖佈滿軍警，但成賢街教育部大門敞開，學生們便湧進大門，擠滿庭院，要求朱家驊親自出來答話。
朱家驊正在中央研究院處理公事，接到部下電話報告，並要他千萬不要回教育部，暫時躲避起來。朱家驊放下電話后，卻立即返回教育部。
不到20分鐘，朱家驊便從後門進入教育部，並立即出現在學生們面前，以堅定而又懇切的語氣，向學生們說明政府的困難和對學生們的愛護，並告訴學生們，政府絕不會增加伙食費，勸他們回學校好好讀書。
學生們被朱家驊的言語所打動，同時被他的氣勢鎮住，原本打算挾持朱家驊遊行的念頭被打消。朱家驊離開后不久，學生們也相繼散去，到中午下班時，教育部已恢復平靜。
1948年冬，平津解放在即，國民黨軍隊節節敗退，國民黨統治已呈崩潰之勢。
朱家驊在請示蔣介石后，組織指揮將故宮、中央博物院、中央研究院、北京圖書館的文物、書籍運往台灣，計有文物4000餘箱，中央圖書館的重要善本書籍600多箱，歷史語言研究所的書籍400餘箱。
同時朱家驊收容、爭取國內各地的重要教授，將他們送往台灣。他還與傅斯年接洽，請傅斯年擔任台灣大學校長，為中央研究院遷台做準備。
朱家驊與中央研究院，有着非同一般的感情與歷史淵源。
早在1928年，他便協同蔡元培參與籌備創辦中央研究院，並受蔡元培委託，於當年4月協助傅斯年在中山大學內建立了中央研究院歷史語文研究所。該院在南京成立后，還得到朱家驊撥來的一些庚子賠款的資助。
1936年，朱家驊兼任中央研究院總幹事后，實際上負起領導責任。1940年蔡元培病逝后，朱家驊便接任院長，從此主持中央研究院長達18年之久。
其間，他組織了中央研究院的數次遷移，從抗戰爆發遷到後方，到抗戰勝利后遷回南京、上海、北平，歷盡波折。由於朱家驊組織有序，指揮得力，中央研究院所用人員盡職盡責，各所的儀器、圖表、設備、資料等在戰亂中沒有受到太大損失，科學家們在艱苦環境中仍做出了出色的貢獻。
中央研究院作為全國最高科研機構，在朱家驊的保護和主持下，到1948年已擁有14個研究所，並已經開始了原子能研究。
朱家驊在1948年3月主持了院士選舉，共推選數理、生物和人文三組院土81人，再由院士推選院士評議員32人，報請蔣介石批准聘任。這批院士集華羅庚、李四光、竺可楨、茅以升、郭沫若、吳大猷等全國第一流學者。
至此，中央研究院功能齊備，機構健全，並擁有一批全國一流學者，實乃中國科學界一大盛事，朱家驊對中國科學發展做出的卓越貢獻，可謂他一生最大的閃光點。
1949年4月，南京解放，國民政府遷往廣州，朱家驊在廣州出任了閻錫山內閣的行政院副院長。
4月25日，朱家驊攜家人乘坐建國號飛機逃往台北，從此再沒有踏上這片國土。
五、一生清廉，晚年生活貧困
1.重建“中研院”
到台灣后，朱家驊終於“如願”地退出國民黨權力中心，1950年3月6日，國民黨中常會臨時會議通過閻“內閣”總體辭職。3月15日，隨着閻錫山的卸任，朱家驊也結束了為期9個月行政院副院長職務。
隨後，朱家驊被聘為“總統府資政”，以後長期擔任這一榮譽虛職。
國民黨改造運動結束后，朱家驊又和大多數大陸時期國民黨高官一樣，被蔣介石任命為“國民黨中央評議委員”。
從此，朱家驊終於可以一心一意從事學術工作了，雖然這是他此前一直希望的，但真的實現時，卻感到莫名的失落。朱家驊在台灣還擔任“中央銀行”董事、“中德文化協會”會長、留德奧瑞同學會會長、“中韓文化協會”理事、“中央研究院”院長等職。其中，“中研院”仍是他最重視的機構，以致他傾盡全力去恢復“中研院”。
在國民黨撤離大陸前，朱家驊雖計劃將“中研院”全部遷往台灣，並四處奔走遊說，歷盡辛苦，但終因時局動蕩，人心浮動，交通困難，經費短缺而沒有實現，大多數研究院院士選擇留在大陸或旅居海外，遷台人員甚少，只有歷史語言和數學所兩所人員，這讓朱家驊大為失望，一籌莫展。
遷台之初，台灣政局混亂，國民黨政權不穩，軍民100多萬人亟待安置，而當時台灣的經濟處於戰後待興之際，“中央”財政狀況之惡劣可想而知。在這種情況下，朱家驊想要爭取經費重建“中研院”這樣一個學術機構，是根本不可能的。
在為此得罪前後兩任“行政院長”后，“中研院”不得不裁員，最後名額只有58人，每月經費2.8萬元，摺合美金不過2000元。院中除歷史語言所、數學所少數高級研究員因在台大教書可以住進較大的宿舍外，其他大部分人員住在楊梅火車站的民宅，設施簡陋，生活艱苦。
這種狀況，一直持續到1953年，國民黨在台灣的統治逐漸穩固，台灣經濟也逐步復蘇，各項改革新政開始着手進行。朱家驊看準時機，又開始四處籌措經費、找尋院址、購地建屋、規劃學科、創辦刊物等，為“中研院”的“起死回生”四處奔波。
能否解決經費問題是復活“中研院”的關鍵。朱家驊先從“政府”爭取到撥款，胡適也在美國申請到中華教育基金5000美元，美國洛克菲勒基金會1萬美元的資助。
但即便如此，恢復“中研院”各個研究所時，朱家驊仍感到捉襟見肘，這時他再一次想到中英庚款。
中英庚款來源於《辛丑條約》，八國聯軍侵華后，在強迫清政府簽訂的《辛丑條約》中規定賠償美、英、俄、德、日、奧、法、意、西、荷、比等十一國白銀4億5仟萬兩，年息4厘，分39年付清。1918年第一次世界大戰結束后，同盟國戰敗，協約國勝利，中國因參加了協約國，成為戰勝國。
1924年5月，蘇聯宣佈放棄庚子賠款的帝俄部分。而此前，英國也在1922年12月宣言將中國已付的庚款悉數退回，但又附加條件規定要“作為兩國互有利益之用”。經過多年交涉，直到1930年才由中英兩國政府正式換文成立。
換文規定，庚款只能用於建築鐵路及經營其他生產事業，所得利息用於興辦教育文化事業。同時按照換文規定成立了中英庚款董事會，成員由中英兩國人員混合組成。而朱家驊則有幸被行政院派任該董事會董事長，管理董事，也正因如此，每當中國文教事業遇到困難，朱家驊便會想中英庚款。
此時，中英庚款大部分已在大陸期間被用掉，只剩下董事會曾購買的美國救國公債20萬美元，由董事會委託華美協進社代存，預備用來做留英公費生轉學美國的費用。
有些機構團體想變更這筆款項的用途，從這筆款項里得到補助，都被朱家驊予以拒絕。在“中研院”請款困難，幾個計劃的經費沒有着落的處境下，朱家驊決定利用中英庚款的最後尾數來實現“中研院”的復興。
到1954年，“中研院”終於在台北南港有了新的根據地，住在楊梅附近的“中研院”人員也正式遷入了南港的新宿舍。工作、生活步入正軌后，“中研院”人員在朱家驊的帶領下，同心協力，陸續重建動物研究所、植物研究所、化學研究所三所研究所，還於1955年2月增設近代史研究所、民族學研究所。“中研院”的各項研究工作也在朝氣蓬勃地進行着。
2.揮淚遞辭呈
1957年4月2日，中斷多年的“中央研究院”院士會議和院士評議員會議，在朱家驊的主持下召開。
然而，就在不久后的8月20日，朱家驊突然因“病”遞交辭呈，10月辭去了“中研院”院長一職。對於朱家驊的辭職，台北官方發佈消息稱：
“朱家驊因近來體弱多病，向總統懇辭中央研究院院長之職……”
而蔣介石“慰留不得”，只好“准予辭職”。為了“體念”朱家驊為“中研院”服務30年的功勞和苦勞，特地給予朱家驊“明令褒獎”。
對於朱家驊的因“病”辭職，人們疑竇重重，朱家驊嘔心瀝血、殫精竭慮為之奮鬥多年的“中央研究院”剛剛恢復，他本人便因病辭職，總覺得事情不是這麼簡單。
而事實上，朱家驊辭職的確另有原因。
就在1957年8月4日周日那天，蔣介石夫婦閑暇之餘到郊外散心，經過南港“中央研究院”時，便想進去巡視一下。朱家驊事先不知，因此沒有準備。
蔣介石看到從南港到研究院的柏油馬路尚未鋪好時，就已面露慍色，因為此事是他指示要省政府辦的，卻拖延至今未辦。
當蔣介石走進“中研院”里一看，“中研院”里僅有一名衣衫不整的工友，而屋裏雜亂無章，擺設凌亂不堪。蔣介石立刻責問這名看管人員，得知朱家驊經常幾天不露一次面，不由得心生怒氣，拂袖而去。
回到“總統府”，蔣介石立刻找來朱家驊來詢問“中研院”情況，恰巧有關機關前來報告“中英庚款教育基金會擅自挪用美金20萬元一案”，蔣介石頓時臉色鐵青。
朱家驊心知這兩案併發，他“中研院”院長一職恐怕是保不住了，只好以“體弱多病”為由請辭。
11月，“中央研究院”舉行第三屆評議會第二次會議，投票推舉胡適等人為院長候選人，后經“總統府”批准，由胡適繼任“中研院”院長。
1958年1月11日，“中研院”舉行了院長交接典禮，從此，朱家驊離開了他坐了13年的“中研院”院長之位。
1962年，胡適去世后，“中央研究院”院長一職一直懸缺。後來“中央研究院”評議員票選吳大猷、王世傑、朱家驊三人為院長候選人，承報蔣介石請其裁定。三人中，朱家驊票數最多，吳大猷無意返台，但蔣介石卻圈定了票數最少的王世傑。
1962年2月24日下午，朱家驊最後一次參加了“中研院”院士會議，選舉新院士，是年70壽辰時設立了“朱家驊先生獎學金”，之後便凄涼告退，再不過問“中研院”的事情，徹底離開了他傾盡一生心血扶持和管理、最引以為傲的“中研院”，賦閑在家，頤養天年。
此外，朱家驊還有一個重要民間團體的職務——“聯合國同志會中華民國總會”會長，該組織的前身是國際聯盟同志會中國總會。朱家驊於1936年被選為會長，二戰後，國際聯盟解散，聯合國成立，原有的國聯中國總會改為聯合國中國同志會，朱家驊仍被選作會長，同時當選聯合國同志會世界協會名譽會長。
國民黨敗逃台灣后，朱家驊主持該會出版了多種刊物。其中《大陸雜誌》社是朱家驊於1950年7月創辦的。該會每月都會舉行兩次學術研究座談會和國際政治時事座談會，每次都要聘請中外著名學者、政治家做演講。從1950年到1962年12年間此類座談會共舉行了383次，其精彩內容都刊登在了《大陸雜誌》上。
直到朱家驊去世十幾年後，該雜誌仍是中國出版的學術水準較高的刊物，並在國際上產生了一定影響。
3.晚年貧寒落寞
朱家驊自幼生活不幸，除父母早逝外，兄弟姊妹八人中，也只有四人活了下來。他本人由長兄嫂撫養成人後，殊不料長嫂陳氏1928年猝然離世，一年後長兄朱祥生追隨而去，之後，朱家驊肩負起撫養和教育侄兒侄女的責任，將對兄嫂的情誼，轉移到兄嫂這對兒女身上。
1948年4月15日，朱家驊特地選在自己生日這天，為侄兒朱國勛主持了婚事。這一天，朱家驊欣喜異常，因為他感到自己總算完成了兄嫂的一樁心愿。
朱家驊本人的婚姻亦不美滿，他先後結過兩次婚。原配夫人程亦容是吳興人，系朱家驊長兄朱祥生同事周黨的外甥女，比朱家驊小6歲。兩人經周黨牽線，於1913年相識，次年1月訂婚，兩個月後朱家驊赴歐洲留學，直到1917年初回國后，方於當年8月與程亦容在北京結婚。婚後第二年朱家驊再度出國留學，攜程亦容同往。
旅歐期間，程亦容因子宮外孕開刀，失去生育能力。程亦容精通法語，擅長鋼琴，性格活躍，但與朱家驊性格頗多不合。從歐洲回國后，兩人漸生齟齬，以致屢有摩擦。
抗戰期間，朱家驊遷至漢口、重慶，程亦容拒絕隨往，而是獨自一人前往香港居住。其間朱家驊多次赴港，要將程亦容接回，都未成功，還在香港鬧得滿城風雨。在這種情況下，兩人正式離婚。
赴台後，朱家驊在台北與王文淵結婚。王文淵未曾生育，以致朱家驊一生膝下無子。朱家驊去世時，王文淵按照朱家驊的遺命宣佈以其侄兒朱國勛為繼嗣。
朱家驊為官清廉，一生沒有什麼積蓄，以致赴台遠離政壇后，生活陷入窘迫之中，甚至無錢治病。1953年，朱家驊染病住院，須開刀手術，卻拿不出足夠的錢支付醫療費，只好向親友尋求幫助。1958年朱家驊再次吐血病倒時，也是在舊屬的資助下才得以渡過難關。
朱家驊的一個舊屬見朱家驊身體不好，又得知朱家驊沒有車，恐其出行不便，便送給他一輛舊車。朱家驊十分感動，對旁人說：
“老了，廢了，無力買車，只好坐朋友贈車，而這位朋友過去從來沒有直接接受過我的好處，現在還以車相贈，真令人感念。”
其實，朱家驊的體質原本很好，他的病是因為工作太忙，應酬太多，生活無規律而導致。正如朱家驊的秘書高廷樟所說：
“朱先生任交通部長同時也兼任教育部長半年之久，才由王雪艇部長繼任。交通部單位很多，事情很繁，朱先生每天早上到黨部或行政院參加會議，開完了會，到部裏頭處理公事，時間總不夠。部屬中午下班休息了，他還是不能離開而仍要在部里辦公，下午也往往有些會議需要參加。回到部里的時候，總是在四點鐘以後。”
朱家驊本人也說過：
“我從政以來，以公務羈身，責任心重，疏忽了家庭溫暖，只怪自己。”
朱家驊酒量很大，也是造成他健康問題的罪魁禍首之一。他曾說：
“我年輕時一餐一瓶白蘭地不成問題。”
正因如此，朱家驊在1937年浙江省主席任上，曾患胃潰瘍和胃出血。1953年2月，朱家驊又患十二指腸出血。1955年朱家驊應邀赴韓國訪問，回程經過日本，在東京時忽感嘴巴不靈活，說話不利索，診斷結果為輕微腦出血。自此以後，朱家驊成了醫院的常客，經常在台中谷關一帶休養。
朱家驊不能工作，心中十分落寞，他曾在1962年對秘書說：
“不意我的體力一衰至此，要想恢復健康，恐怕很難了。但願再有十年，一能親見反攻復國，二能看見人類登上月球，三能看見教育學術界有更大的成就，我就滿意了。”
而這些，竟成為朱家驊的臨終三願。
就在這一年，朱家驊又出現心臟擴大和血管硬化等癥狀，行動變得遲鈍起來。
1963年元旦上午，朱家驊參加國民黨中央委員會和“總統府”兩次新年團拜，下午及1月2日出門拜會好友，3日上午到“聯合國同志會”辦公，總幹事方誌懋見他氣色不好，曾勸他回家休息，朱家驊笑着搖搖頭，並沒有當回事。
下午，朱家驊做例行按摩，按摩半小時后感覺身體有些不適，便停止按摩上床休息。不想一小時后突然感到胸悶氣短，下床走了一小段路就喘息不止，家人忙扶他坐下，並端來一杯水。朱家驊虛弱地喝下一口水，卻再也說不出話了，隨即，頭也垂了下去……
1月3日下午4時50分，朱家驊與世長辭，終年70歲。
朱家驊去世后，蔣介石親臨弔唁，特贈“愴懷勛碩”挽額。5月15日，朱家驊遺體安葬於陽明山公墓。
按照朱家驊生前囑託，其家人將朱家驊個人檔案捐獻給“中央研究院”成立的《朱家驊先生檔案》，為中國近代史研究提供了寶貴資料。
為紀念朱家驊，台灣當局出版了《朱家驊先生逝世紀念冊》，設立朱家驊先生壽辰獎學金。“中央研究院”則從1972年開始，每臨近朱家驊誕辰，便舉辦“朱家驊院長講座”，以紀念朱家驊對“中研院”創立、發展、保存、復興所做出的傑出貢獻。
歷史評說
朱家驊作為中國教育界、學術界泰斗，外交界耆宿，中國近代地質學奠基人，中國現代化先驅，以其淵博的知識、過人的智慧、嚴謹的工作作風，在政府、政黨、教育、學術等方面多種重要任職中，多有建樹與成就。
朱家驊以學者身份從政，早在整頓中山大學時，便表現出不凡的魄力與才華，並因此受到戴季陶的賞識。戴季陶曾公開說：“中國只有一個半人才。”半個指的是易培基，一個便是朱家驊。朱家驊還創辦了國立編譯館，設立國立中央圖書館、博物院，改革教育制度，為中國文化事業和人才培養做出了卓越貢獻。
此外，朱家驊特別注重保護學術研究人員和國家文物。抗戰中，在其努力下，使得一大批珍貴文物免於落入敵手，為國家保存了一批稀世珍寶。在派系鬥爭中朱家驊也不甘示弱，他組成的“新CC系”，與陳氏“CC系”不分伯仲。
朱家驊為中央研究院服務30年，任中央研究院院長達18年，一生與中央研究院結下不解之緣。抗戰期間，他組織了中央研究院的數次遷移，由於組織有序，指揮得力，所用人員盡職盡責，各所的儀器、圖表、設備、資料等均未受多大損失，也使得科學家在艱苦環境中仍取得了出色的成果。抗戰勝利后，在朱家驊的主持下，中央研究院迅速發展為功能齊備，機構健全，擁有一批全國一流學者的科研機構，可以說朱家驊為中國科學發展立下了汗馬功勞，這成為他一生中最大的閃光點。
到台灣后，朱家驊為重振“中央研究院”嘔心瀝血。儘管經過多年努力在“中央研究院”剛剛恢復之際，他本人便因故辭職，但他對“中研院”的創立、發展、保存與復興、振興，所做出的傑出貢獻，將永入史冊。他一生清正廉潔，亦為後人楷模。