不可思議花園
離開大傻谷后，三人繼續旅行，在路上的一個神奇寶貝中心小智給大木博士打了一個電話。
“小智，那些化石盔，菊石獸和化石翼龍是你們在大傻谷里抓來的，那裏面還有沒有了”大木博士一接電話就開始詢問小智。
“沒錯，是我們抓的，它們還好吧，而且大傻谷里剩餘的都讓他們沉睡了，我抓了聯盟應該沒意見吧”小智猜大木博士已經知道大傻谷出現了化石神奇寶貝。
“沒問題，我說你是我安排的人，我會好好照顧它們，它們全都剛剛醒來，要經過一段時間的調養才能恢復過來，既然大傻谷剩餘的都沉睡了，我們就不應該打擾，我會和聯盟反應的”大木博士知道小智很關心神奇寶貝，這話讓小智安下心來“小智，它們借我研究沒問題吧”
“沒問題，你只要幫我照顧好它們就行了”雖然大木博士研究神奇寶貝很盡心，但有時會不顧自己的危險，如果發現稀有的神奇寶貝，那他就會死纏爛打的黏着對方。好在大木博士有很強的神奇寶貝和我的五員老將，不會有太大的危險。
在神奇寶貝中心，波克比也在小霞的期待中誕生了。
“啊，好可愛，波克比你好啊”
“叫尅布哩~”波克比高興的叫道，就這樣小霞收服了波克比。
而這天，小智一行人繼續向著紅蓮道館前進，在路上碰到了一位大叔要求進行神奇寶貝的對決，小智當然是來者不拒。
“上吧，鐵甲犀牛”大叔派出的神奇寶貝是鐵甲犀牛。
“咦～是鐵甲犀牛”瑟蕾娜驚呼到，在她那鐵甲犀牛大都用來騎，而不是用來戰鬥。
“妙蛙種子就決定是你了”小智看到大叔就知道到那個不可思議花園了，所以派出妙蛙種子。
“鐵甲犀牛，使用猛撞攻擊”大叔率先下令，然後鐵甲犀牛就向著這邊沖了過來。
“妙蛙種子寄生種子，然後睡眠粉”看着鐵甲犀牛向妙蛙種子撞了過去，小智對妙蛙種子下令，像這種橫衝直撞的都是很好的活靶子。雖然妙蛙種子被撞飛，但寄生種子和睡眠粉成功命中鐵甲犀牛，鐵甲犀牛不斷被吸收體力而且搖搖欲睡，寄生種子吸收體力補回妙蛙種子，妙蛙種子可以很快的恢復傷勢。
“鐵甲犀牛振作啊”大叔沒想到會是這種情況。
“妙蛙種子最後一擊，飛葉快刀”妙蛙種子飛出許多葉子，鐵甲犀牛因為被睡眠不能動，草系對地面系和岩石系效果拔群，而且還是加強版的飛葉快刀，鐵甲犀牛直接失去了戰鬥能力。
“妙蛙種子乾的好”小智跑過去摸了摸妙蛙種子說。
“噠奈~”可是就在這時，妙蛙種子痛苦的叫道
“妙蛙種子你沒事吧，難道是…我馬上送你去神奇寶貝中心”小智看到妙蛙種子背上的種子開始發光，但很痛苦，小智知道它正在抗拒進化，所以就抱着妙蛙種子向神奇寶貝中心衝去。
“大夥，我們快去神奇寶貝中心”小霞也看到妙蛙種子一臉痛苦，也沒說什麽，跟小智一起跑向神奇寶貝中心。
終於在傍晚，小智等人趕到了神奇寶貝中心，並且把它交給了喬伊小姐。
“你的妙蛙種子沒事，只是出現進化的徵兆罷了，不過看起來它好像在抗拒進化”在認真檢查下，喬伊對在外等待着的小智說。
“它沒事就好，進不進化我會跟他說陰的”妙蛙種子認為進不進化都可以變強，只不過進化是變強的一個捷徑。
“妙蛙種子進化之後會進化成妙蛙草，你們看”喬伊把小智等人帶到窗戶邊，指着窗外說。
然後就聽喬伊小姐說了妙蛙種子的傳說，原來是到了某個時期，妙蛙種子就會從各處湧來，聚集在一塊，舉辦進化的慶典。
“看來我們是迎接了重要的時刻了”小剛聽到后發出感慨。
“看來很有趣，進化是在哪裏”小剛這時突然問道，不過也提起了大家的好奇之心，畢竟這是一大奇迹啊。
“在稱為不可思議花園的地方哦”喬伊笑着解釋說。
“不可思議花園”大家都沒聽過這個地方。
“到目前為止從來都沒有人見過那個地方，所以被認為是幻影呢”喬伊繼續解釋說。
“想要知道不可思議花園在哪裏，跟着妙蛙種子就行了”這時小智的回答道。
吃過晚飯後，大家都沒有休息，都在暗中觀察妙蛙種子，想跟着妙蛙種子去不可思議花園，過了很長時間，小智看到了妙蛙種子出門然後朝着花粉流動的方向去了。
“小霞，小剛我們安靜的跟着妙蛙種子走”小智立刻去喊醒小霞他們。
“嗯，我們出發吧”小剛同意到。
“這是什麼”大家跟着跑了一段時間后，就看到四周出現了許多的藤蔓。
“你們看，藤蔓把前面的路堵塞起來了”小霞看着前方說道，畢竟前面就是不思議花園了。
“這裏有個小洞，剛好夠妙蛙種子進去，皮卡丘，你和傑尼龜先去看着妙蛙種子，我們等一下就來”小智擔心妙蛙種子的安全，畢竟火箭隊也會過來搗亂，所以先放傑尼龜和皮卡丘進去，他們慢慢在藤蔓完全堵塞前跳過去，不過小霞和瑟蕾娜運動能力沒那麼好，要看着點。
“我們走吧”皮卡丘帶着傑尼龜進去了。
“好漂亮啊~”皮卡丘和傑尼龜看到下面平坦的草地上有好多妙蛙種子，然後妙蛙種子開始唱歌，那個乾枯的樹開始成長，並且開出了大片的紅花，而且地上也開了好多的小花。
這時，它們後面出現了一隻妙蛙花，傑尼龜被嚇了一跳，馬上進入戰鬥狀態。
“傑尼龜你不是他的對手”皮卡丘制止了傑尼龜的行為，因為它感覺這隻妙蛙花很強，雖說皮卡丘能打贏，但是他不想傷害這裏。
“不好意思，我們是好奇才過來的，請原諒我們失禮的行為”皮卡丘帶着傑尼龜向妙蛙花道歉。
“沒關係，跟我過來，我有話對你們說”妙蛙花沒有怪罪它們，慢慢往樹洞中走去。
皮卡丘和傑尼龜跟了過去，它們在裏面看到了小智的妙蛙種子。
“你們為什麼不進化，你們都有很好的資質，進化后能變得更強”妙蛙花開口了。
“我覺得我很喜歡這種形態，小智不強求我進化，而且變強不一定要進化，就算不進化，你不一定能打贏我”皮卡丘答道：
“不進化確實也能變強，但是進化能更快的得到力量，當年我也是這樣認為，但直到失去最重要東西的時候，我才陰白，有些事情是不會等你慢慢變強的，他們和你不同，你潛力無限，他們現在潛力到了頂點了，不進化就不能在增強實力了”
“即便你這樣說，我也不會改變自己的想法，如果小智需要我進化，我會毫不猶豫進化，不需要的話我就不進化”妙蛙種子堅信自己的想法。
“這是你的事，我只是建議你們，我要出去了，慶典要開始了”妙蛙花慢慢走出了樹洞。
等小智他們到達的時候，慶典剛好開始了，在妙蛙花的叫喊和妙蛙種子的回應下，妙蛙種子開始吸收飄着的花粉，一個個都進化成了妙蛙草。
“我的妙蛙種子呢”小智在一堆妙蛙草里尋找着妙蛙種子，可是找遍后都沒有一隻妙蛙種子，全都進化成了妙蛙草，小智非常的納悶，心裏想：難道它也進化了？小智向丈二的和尚，摸不着頭腦。
就在這時，一個喵喵形狀的熱氣球出現了，“（火箭隊經典台詞）哈哈哈，妙蛙草和妙蛙花，我們就收服了”武藏一邊說一邊從熱氣球下伸出一個大管子，而後小次郎按了一個按鈕后，管子就開始吸氣，好多妙蛙草都被吸起來了。
“不好，快救妙蛙草”小智看到妙蛙草好多都被吸了起來，小智馬上放出比比鳥“比比鳥破壞氣球”
“我早就有準備，十萬伏特網”一張帶電的網罩住了比比鳥。
“我們也來幫忙”當小剛他們也想出手幫忙的時候，妙蛙花出手了。
妙蛙花一聲大叫，地上出現許多藤蔓，直接將熱氣球包了起來，然後用飛葉快刀，將袋子割破，被抓的妙蛙草全部掉了下來，掉下來的妙蛙草被藤蔓接住，最後使出陽光烈焰，將火箭隊炸飛。
“好討厭的感覺啊~”火箭隊變成流星飛走了。
“小智，這隻妙蛙花好強啊”小剛說到，剛剛他看到妙蛙花的攻擊都是一氣呵成。
“這些都不重要，我的妙蛙種子，傑尼龜和皮卡丘呢”小智現在才不管妙蛙花多厲害，他現在還沒找到妙蛙種子它們三個。
“我們在這裏”皮卡丘它們從妙蛙花背後走了出來，小智的波導告訴他這隻妙蛙種子就是自己的那隻，看來它沒選擇進化，這樣小智就得費一番口舌了，他知道妙蛙種子潛力到頂點，不進化就沒法發展了。
原本以為事情結束了，不過妙蛙花卻給了小智一樣意外的東西。
“這不是妙蛙花的mega石嗎？為什麼你要給我這個”小智對妙蛙花給他這東西感到很驚訝。
“聽說你聽的懂我說的話”
“沒錯”這一定是皮卡丘告訴它的。
“這是我以前無意中得到的，它能讓我們妙蛙一族變得更強，現在它放在我這裏已經沒用了，與其讓它發霉，不如送給你，或許你的妙蛙種子有一天能用到它”妙蛙花解釋到。
“那我不客氣了”這麼好的東西，小智怎麼能拒絕，或許自己哪天真的能用上。
事情圓滿的解決了，小智等人也在回神奇寶貝中心收拾東西後繼續向紅蓮道館前進。
夜晚，小智放出了妙蛙種子和傑尼龜，和他們談了很多，最後妙蛙種子和傑尼龜都願意繼續努力而選擇進化，這樣第二天旅行的時候小智的精靈就變成了皮卡丘，比比鳥，火恐龍，妙蛙草，卡咪龜和暴鯉龍