大傻谷和化石翼龍
小智一行人聽說大傻谷出現化石，便前去湊熱鬧，別人是來挖化石，而小智的目標是化石翼龍和波克比的蛋，至於化石盔和菊石獸（很多人都不明為什麼小智的精靈都是初始狀態，而不是最終進化行，因為最終進化行能訓練的地方少，而從初始狀態培養是一種過程也是一種成長），相信大木博士是很有興趣的。
“沒想到這裏可以挖出化石，就吸引了那麼多人來”看到好多人拿着鎬頭等挖掘東西一起向前走去，小霞感到非常震驚。
“他們都是來碰運氣的，不如我們也來碰碰運氣吧”小智做出挖石頭的動作。
“就你這樣還想挖化石，一點準備工作都沒做就來了”這時後面傳來了小茂的聲音，“現在懶得和你吵架，再這樣下去重要的化石會被挖走的，現在沒時間陪你吵架”說完就跑了。
“真是個討厭的傢伙，等我抓到化石神奇寶貝后讓你的眼珠子掉下來”小智心裏安慰道，想想那時候的情景，小智一個人在那裏傻笑，等他反應過來的時候，小剛他們全都轉過頭去，一副我不認識這個傢伙的表情。
“我們也去看看吧”小智道。
“沒想到來了這麼多的人。我們根本沒有地方挖啊”小剛拿着鏟子看着這裏說道，看來他也很有興趣。不過看到下面山谷中到處都是人，還真不知道在哪裏挖好。他們都忙着用鎬頭挖化石，而後就聽到小茂挖到的是神奇寶貝大便化石，弄得小智都差點笑了出來。
不過走着走着就看到火箭隊三人在裝炸彈。小霞二話不說就跑了過去，“你們在幹什麼”
“（火箭隊台詞）”這時武藏和小次郎被出現的小霞嚇了一跳，馬上跳到一塊岩石上，就開始說開場台詞。
“別講那些廢話，一點用都沒有，還不快引爆炸彈”喵喵覺得現在不是說開場白的時候，於是打斷了武藏和小次郎。
“已經裝好了，只要炸掉這一帶的話，隱藏的神奇寶貝化石就可以得到了”小次郎無所謂的說。
“我不會讓你們得逞的，小智我們一起阻止他們”小霞聽了火箭隊的話后感到氣憤，下面可是有一大群人啊。
“這樣做的話，下面的人就有危險了”瑟蕾娜也非常的擔心。
“太晚了，我知道我們打不過你們，所以我將炸彈做成遙控的。你們全部去死吧喵~”喵喵按了一下手中的遙控器。
“不好”小智覺得不對頭，他們不是用火點的嗎，怎麼一下子變遙控了，不過想了一下覺得哪裏不對“你們怎麼不逃？”
這話讓大笑的喵喵突然僵住了，“遭了我們還在這裏，我就按下去了，不好要爆炸啦，喵~”
“你說什麽…”武藏和小次郎像機器一樣，轉過頭來看着喵喵。
“轟~~~”大傻谷里發生一陣巨響，炸彈在火箭隊的眼前爆炸了，火箭隊被炸飛了，地面裂開了一個大縫子，小智他們全掉了下去。
“怎麼會這樣，明明是很完美的計劃”“都是喵喵，我們還沒離開就引爆炸藥”“對不起啦喵~”火箭隊他們又飛走了。
“好討厭的感覺啊”×3
“巴大蝴，比比鳥出來吧，巴大蝴使用念力，比比鳥使用龍捲風”小智派出巴大蝴用念力接住小霞和瑟蕾娜，自己和小剛抓住比比鳥的腳，比比鳥用龍捲風避免石頭砸到我們
“這裏是哪裏啊”小霞看着黑漆漆的四周問道。
“這裏應該是大傻谷的地下洞窟，剛才的爆炸在上面開了一個大洞，我們是從上面掉下來的”小剛拍了拍身上的灰塵說到。
“看來是這樣的，出來吧火恐龍”小智這時派出了火恐龍，借火恐龍尾巴的火焰使四周明亮了起來。
“那…那些是什麼啊”瑟蕾娜看到黑暗中出現了好多紅色光芒，在陰森森的洞窟里顯得格外的嚇人，她害怕的躲在小智背後。
“大嘴蝠出來吧，使用閃光”小智讓大嘴蝠出來並使用閃光，大嘴蝠使用閃光后，洞窟一下子明亮了起來，“原來是菊石獸、多次菊石獸、化石盔和鐮刀盔，據說是幾萬年前就絕種的神奇寶貝，化石盔和鐮刀盔是岩石＋水，菊石獸和多刺菊石獸是岩石＋水，小剛你可以捉一隻化石盔或者鐮刀盔，小霞你可以都捉一隻，瑟蕾娜也可以捉一隻培養看看”小智看清后說道，不過在他看來這不是很好的事情。
“它們好像不太友好，它們的眼中都充滿了血絲，難道是因為我們把他們吵醒的”小霞這時發現問題后說道，而且有點怕怕的感覺，畢竟遠古的化石神奇寶貝的凶性還是存在的。
“不錯，但是我有辦法讓他們繼續睡，在這之前我要做好防禦準備，因為我要的那隻待會有可能要過來，出來吧全體成員，準備戰鬥”小智放出了妙蛙種子和傑尼龜
.“為什麼每次出來都是不好的情景”傑尼龜吐槽道，他們一起出來不是訓練就是打架。
“我們也來幫忙吧，出來吧大岩蛇”“海星星”“焰耳狐”小霞他們決定為小智分擔。
“不用你們幫忙，那隻我一個人就可以了，這些的話待會繼續讓他們睡覺，到時候你們直接收服，並幫我收服一隻菊石獸和化石盔，我把那隻引出去，你們收服后出去把洞口封閉起來”小智決定單獨對付那隻霸主。
“吼~~”一聲巨大的吼聲傳來，一個黑影飛了過來，落來一顆石頭上，所有的化石神奇寶貝看到它后都開始顫抖，然後全部退去。
“是化石翼龍，也是絕種的神奇寶貝，我的主要目標就是他，比比鳥上將化石翼龍引出去，其他的跟上，巴大蝴你留在這裏使用睡眠粉讓他們睡着后再出來”看到化石翼龍，這傢伙不愧是幾萬前的霸主，還是那麼有威懾力。由於化石翼龍一下子沒有反應過來，被比比鳥的翅膀攻擊幾中，中了一擊后，化石翼龍很惱火，開始和比比鳥決鬥，比比鳥順利的把化石翼龍引了出去
“比比鳥使用影子分身，空氣利刃，破空斬輪流攻擊，皮卡丘，妙蛙種子，傑尼龜，火恐龍使用遠程攻擊協助”化石翼龍使用岩石利刃對付地面攻擊的，都被比比鳥的空氣利刃抵消，使得化石翼龍很憤怒使用破壞死光攻擊比比鳥。
“好機會，大家使用最強一招攻擊化石翼龍翅膀”乘着對方要僵硬一會兒，小智命令大家用絕招攻擊化石翼龍的翅膀，化石翼龍翅膀受傷一個不穩掉了下來。
“乘勝追擊，皮卡丘使用伏特攻擊解決他”皮卡丘用電光一閃加速跑向掉下來的化石翼龍，一躍抓住了化石翼龍，使出了伏特攻擊。
“嗚~”由於化石翼龍才蘇醒身體靈活不夠，被電的失去了戰鬥能力，小智馬上將化石翼龍收服傳了回去。
小智叫小剛幫忙給比比鳥看看，安排其它神奇寶貝注意警戒，自己一個人帶着皮卡丘再次進去地底（辛好還沒封印）。在最深處看到了一個石像，它一個爪子抓住一個蛋，另一個抓住一個石頭。小智和皮卡丘分別取下兩樣東西就離開了。
“這不是噴火龍的mega進化石嗎？不過它為什麼會出現在這裏，這是偶然還是人為”帶着一陣疑問，小智轉身回去了。
他們離開后，大傻谷就被圍了起來，禁止他人進去。在走到沒有人的地方“小霞給你”小智把波克比的蛋給了小霞。
“小智，這是”小霞對此不解。
“這是在大傻谷里撿到的，是波克比的蛋”小智把蛋遞給小霞後繼續說。
“波克比？為什麼給我，而不是給瑟蕾娜”小霞好奇的問，而且她從來都沒有聽說過波克比呢。
“因為它不適合瑟蕾娜，下次我在找個適合的給她”小智覺得還是按原著那樣給小霞，所以撒了個小謊。
小霞也着急波克比到底是怎樣的神奇寶貝，路上不斷向小剛請教孵化的技巧和方式。
而在大木研究所則是一陣手忙腳亂，辛虧有小智的五員老將在，否則研究所都會被拆了，因為小智不僅把化石翼龍傳送過來，還把大家抓到的菊石獸和化石盔一起傳送過來，讓大木博士幫助他們儘快恢復身體健康。