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“十二五”時期是新疆實現跨越式發展和長治久安的關鍵階段，是提升新疆科技創新能力、加快轉變經濟發展方式的攻堅時期。根據國家“十二五”科技發展規劃、全國科技援疆規劃和新疆國民經濟和社會發展“十二五”規劃的整體部署，自治區編製了“十二五”科技發展規劃。《規劃》共分為四個部分，分別為：發展基礎與面臨的新形勢、指導思想和發展目標、重點任務、主要措施等，全文共2萬餘字。現摘要如下：
指導思想以鄧小平理論和“三個代表”重要思想為指導，深入貫徹落實科學發展觀，全面實施中央“穩疆興疆、富民固邊”戰略，以服務科學發展為主題，以支撐經濟發展方式轉變為主線，以提高科技創新能力和自我發展能力為核心，以深化科技體制機制改革為動力，着力發展民生科技，着力加強對產業發展的科技支撐，着力提升科技創新基礎能力，着力建設創新型科技人才隊伍，着力推進全國科技援疆，加快建設創新型新疆，強化實施科技興新，促進經濟結構戰略性調整，為實現新疆跨越式發展和長治久安奠定堅實科技基礎。
發展目標到2015年，全區研究與試驗發展（R&D）經費支出與生產總值比例力爭提高到1.8%，財政科技投入占財政支出比重提高到1.8%，每萬就業人員中研究與試驗發展人力提高到18人年，每百研究與試驗發展人力發明專利申請量9件，高技術產業產值占製造業產值比重達到5%，綜合科技進步水平指數達到60%；自主創新能力明顯提高，重點領域核心關鍵技術取得重大突破，科技促進經濟內生增長和引領可持續發展的能力大幅提升，科技增進民生福祉和保障公共安全的能力顯著增強，綜合科技進步水平接近全國平均水平，創新型新疆建設取得重要進展。
重點任務“十二五”科技發展八項重點任務：一是推進以高新技術為重點的產業技術創新，促進新型工業化；二是加快農業科技進步，促進農牧業現代化；三是加快民生科技發展，推進科技富民固邊；四是發展資源環境科學技術，促進區域可持續發展；五是加快區域創新體系建設；六是加強科技創新基地和基礎條件平台建設；七是大力推進科技人才隊伍建設；八是擴大並深化國內外科技合作。
作為實現重點任務的突破口和切入點，“十二五”期間將組織實施八大工程。
一、新型工業化科技引領工程
1.關鍵技術研發與示範
大型風電裝備製造及併網風電場調度技術、高效太陽能電池組件及大型光伏/熱電站成套技術、風光互補技術、干空氣和地熱能高效利用關鍵技術、煤氣化/液化技術、煤層氣開發技術；多語種語言處理技術、信息安全技術和系統、物聯網技術、生產過程控制/數碼化製造等製造業信息化關鍵技術、軟件產品開發和外包服務、數字動漫產業關鍵技術；石油化工新材料、低成本高效催化劑、煤基化工技術、三次採油用精細化學品、新型建材、稀有和有色金屬材料環境友好型開發關鍵技術、電子信息新材料；先進裝備製造技術及模具標準化加工技術、特高壓輸變電產品和智能電網裝備關鍵技術、石油/礦山工程機械、先進紡織技術；現代交通技術；特色生物資源開發關鍵技術、生物醫藥技術；節能減排技術。
2.產業集群
太陽能綜合利用、煤基清潔能源、大型風力發電機組、稀有和有色金屬新材料、有機高分子材料、電子材料、功能材料、物聯網、動漫產業。
3.高新技術產業園區
烏魯木齊國家高新區建設成“創新型特色產業園區”；克拉瑪依、庫車等工業園區升格為國家高新區；建設浙江大學科技園阿克蘇分園、中國石油大學科技園克拉瑪依分園、廈門大學科技園昌吉分園、中南大學科技園新疆分園、西北工業大學科技園塔城分園等10個大學科技園。
4.“科技小巨人”培育行動
培育一批具有一定規模的科技型企業和高新技術企業。
5.現代服務業科技示範
在電子商務、現代物流、工業設計、服務外包、數字旅遊、地理信息等領域，組織實施一批科技示範工程。
二、現代農牧業科技支撐工程
1.關鍵技術研發與示範
動植物品種培育和分子育種技術；農、林、畜、水產安全生產關鍵技術及質量控制技術；特色農產品貯運保鮮和精深加工技術；農林病蟲害防治技術；動植物重大疫病預防與控制技術；農業高效節水和安全利用技術；退化草原快速治理技術和人工草地高效建植技術；農業裝備先進製造技術；設施農業配套技術；鹽鹼地農業高效利用關鍵技術；新墾土地快速熟化與高效利用技術；農業信息化和農業物聯網技術；新農村建設關鍵技術等。
2.科技型農業產業化龍頭企業
在棉花、特色林果、特色作物、特色養殖和特色農產品深加工領域，培育一批科技型農業產業化龍頭企業、建立20個農業產業技術創新聯盟。
3.科技特派員
建立50個自治區級科技特派員創業鏈、100個科技特派員示範基地；引導科技特派員領辦創辦200個企業、培育500個農民專業合作組織。
4.農業科技園區
建立3—5個國家級農業科技園區和7—10個自治區級農業科技園區。建設喀什農業科技園區、伊犁農產品出口加工科技園區、吐魯番設施農業科技園區、巴州林畜產業科技園區、克拉瑪依精品農業科技園區、阿克蘇特色林果農業科技園區、塔城綠色蔬菜農業科技園區等。
三、民生科技工程
1.關鍵技術研發與示範
人口與健康重大傳染病研究和防控治療技術；重大疾病（心腦血管病、惡性腫瘤等）預防和診療關鍵技術；高發病、地方病預防和診療技術；中醫、民族醫和西醫結合治療關鍵技術；基因組、蛋白質組及其與環境因素相互作用機理；人畜共患病防治技術；中藥、民族葯現代化關鍵技術，新疆地道藥材規範化種植。
公共安全食品與藥品安全檢測與評估關鍵技術；礦山和礦井災害的預測、預警和綜合治理關鍵技術；應急救援關鍵技術；自然災害監測預警技術；社會安全監控預警網絡體系關鍵技術。
2.基層科技服務能力建設
建設83個縣市科技綜合服務中心：包括技術轉移工作站、科技特派員工作站、科技示範基地、科技信息站、科普工作站、數字圖書館等。
建設覆蓋全區的基層科技信息網絡。
新建20個科技興新素質工程培訓基地，每年培訓200萬人次以上。
3.科技富民強縣固邊計劃
在全疆縣市區全面實施科技富民強縣行動；在32個邊境縣市實施科技富民固邊計劃。
4.科普能力建設
新建100個自治區級科普基地，建設新疆自然歷史博物館、數字科技館。
5.新農村建設科技示範
在不同類型地區建立10個科技型新農村建設示範點。
四、資源與環境科技工程
1.關鍵技術研發和示範
礦產資源勘查與開發重要成礦帶戰略性礦產資源研究與高效勘查技術、特殊景觀區金屬礦產資源高效勘查方法技術、大型隱伏金屬礦床定位預測方法技術、煤/煤層氣/煤系頁岩氣綜合評價與勘探開發關鍵技術、優勢非金屬礦產資源成礦規律及開發利用技術、有色金屬礦產資源高效開發與綜合利用技術等。
生態保護與環境治理氣候變化對乾旱區水循環的影響與生態效應研究、乾旱區水資源安全與調控技術和天山雲水資源潛力評估與增水技術、脆弱生態系統恢復重建關鍵技術、流域生態系統可持續管理關鍵技術、沙漠邊緣荒漠植被生態恢復技術、油氣開發區環境綜合整治關鍵技術、煤炭開發區生態修復關鍵技術等。重點地區和城市空氣質素改善綜合技術、重點流域水污染治理技術、水體生態修復技術、湖泊和濕地保護技術、水環境管理技術、生態安全決策管理關鍵技術、重要生態功能區保護和建設技術模式、土壤污染防治與農村環境綜合整治關鍵技術等。開展自然保護區、重要生態功能區、礦產資源開發和流域水環境保護等方面的生態補償關鍵技術研究。
2.可持續發展研究與示範
建設庫爾勒市、吐魯番市、阿克蘇市、布爾津縣、霍城縣、喀什市、烏魯木齊市米東區等12個自治區可持續發展實驗區。
開展伊犁河、塔里木河流域可持續發展科技示範，集成實施一批科技示範項目。
五、技術創新工程
1.創新型企業
培育國家級創新型企業20家，自治區級創新型企業200家。
2.產業技術創新戰略聯盟
建立7個重點產業技術創新聯盟：風電產業、煤電煤化工產業、光伏/光熱裝備、特高壓輸變電裝備、稀有和有色金屬材料、紡織工業、多語種軟件。
建立20個特色農業產業技術創新聯盟：棉花、特色林果、特色作物、特色養殖和特色農產品深加工。
3.創新創業公共服務平台
新建35家生產力促進中心、20個科技企業孵化器、20個技術轉移中心。
六、科技創新基礎能力提升工程
1.研發基地
重點科研機構研發基地建設與完善科研機構研發基地，包括：新疆農牧機械科技成果轉化基地、新疆電子研究所有限公司創新產業化基地、烏魯木齊有色金屬新材料產業化基地、太陽能技術開發與產業化基地、新疆建築科學研究院科技創新轉化基地、新疆建築材料研究開發及成果轉化基地、新疆特色生物醫藥轉化及公共服務基地等。
重點實驗室建設綠洲生態與荒漠環境等3—5個國家重點實驗室、4個省部共建國家重點實驗室培育基地、23個自治區重點實驗室，覆蓋優勢特色產業和民生科技的重點領域。
工程（技術）研究中心新建50個工程（技術）研究中心，建設3—5個國家級工程（技術）研究中心，5—10個國家地方聯合工程研究中心。覆蓋領域包括：石油化工新材料、有色金屬新材料、稀有金屬新材料、煤化工、精細化工、特高壓輸變電裝備、光伏/光熱裝備、特色農業裝備、環境保護等；現代種業、農業節水、設施農業、動物胚胎移植、農產品精深加工等。
2.科技成果轉化及產業化科技示範基地
新建30個科技成果轉化基地，覆蓋糧食作物、經濟作物、棉花、特色林果、畜產品、特色藥材種植和養殖、特色農牧產品深加工、農業高效節水、設施農業、農機裝備、新材料、新能源、環保裝備製造等領域。
加強克拉瑪依石油石化、米東石油化工和煤化工火炬計劃產業基地建設，提高稀有和有色金屬新材料、光伏發電裝備、風電裝備產業化基地，特高壓輸變電裝備製造、現代節水材料、電子信息、生物醫藥、紡織、石油天然氣化工、石油機械製造、節能裝備等產業化科技示範基地的建設水平。
3.科技基礎條件平台
建設完善大型科研儀器設備協作共用網；建設完善新疆實驗動物共享及管理信息系統；建設生物種質資源保護平台；建設新疆科技文獻與科學數據共享服務網絡及服務中心；建設完善山地和流域生態系統、森林資源和特色野生動物、河流預警、鹽鹼地改良等領域的野外觀測試驗台站。
4.110米射電天文望遠鏡
建造110米口徑全向可轉動射電天文望遠鏡。
七、科技人才隊伍建設工程
1.科技領軍人才
培養30—50名科技領軍人才，支持其進行重大方向的科學研究、核心技術開發和自主創新成果產業化。
2.創新團隊
培養50個左右創新團隊，支持其在新疆具有相對優勢的科研領域和培育戰略性新興產業的關鍵技術領域，開展重要研究開發和成果轉化工作。
3.傑出青年科學基金
培養100名左右傑出青年科技人才，支持其開展科學研究和科技成果應用示範，參加國內外科技合作與交流。
4.青年科技骨幹培養
選派1000名優秀青年科技人才到內地進修和培訓，選派200名青年科技骨幹到內地參與科技合作項目。重點培養200名博士和工程碩士。遴選100名博士畢業生，扶持其啟動和前期開展創新創業項目。
5.少數民族科技骨幹特殊培養
遴選100名少數民族科技骨幹，支持其實施重要科技項目。
6.科技創新人才引進
引進高層次人才、急需人才和具有自主知識產權成果和項目的人才，支持其在新疆創新創業。
7.創新方法推廣應用
開展創新方法培訓1000人次，在企業、高等學校、科研機構推廣應用30—50家。
八、國際科技合作工程
1.中國—中亞科技合作中心建設
聚集國內外科技資源，建立面向中亞地區的科研數據庫、資源庫，地理信息、環境監測及地震預測等網絡，形成集學術交流、新技術新產品展示、創業孵化等諸多功能於一體，具有一定國際影響力的“一站式”國際科技交流合作中心。
2.中亞科技合作基地建設
農業科學院國際科技合作基地、畜牧科學院國際科技合作基地、地質礦產科技合作基地、地震災害預測預防科技合作基地、生態環境科技合作基地、電力設備科技合作基地、馬產業科技合作示範基地、中亞科技經濟信息中心等。
3.科技合作研究
中亞地區應對氣候變化條件下的生態環境保護與資源管理聯合研究、中亞區域可持續發展研究、基礎地理和地質合作研究、生物資源聯合研究、中國—阿拉伯聯盟荒漠化防治技術合作研究等。
4.先進適用技術合作
中亞國家語言信息處理技術、現代農業技術、乾旱區綠洲農業與生態綜合治理技術、農業節水和設施農業技術、新能源開發利用技術、新材料加工技術、石油化工下游產品生產技術、節能環保技術等。
5.野外科學監測站點及科學試驗示範點建設
在中亞五國合作建設10個野外科學監測站點和3個科學試驗示範點。