超夢與越夢
坂木帶着小智來到一扇由全合金打造的大門口，通過一系列的認證之後，大門緩緩地開啟，門後面的火箭隊隊員們見自己的大老闆帶着一個十歲的少年，紛紛露出疑惑的表情，坂木集結了火箭隊的幹部，開始了介紹：“我身後的這位就是我大哥赤虹的兒子——小智！”火箭隊的幹部們一聽，紛紛向小智行禮：“屬下參見小智少爺！”
坂木揮揮手，示意他們退下，火箭隊的幹部就都退下了。坂木對小智說道：“小智，走吧！帶你去看看那兩隻寶可夢。”小智現在明白了，一共有三隻夢幻複製體，其中一隻在自己的父親——赤虹的手裏，並且還是最原始的超夢，現在的這兩隻估計是赤虹的超夢克隆體。
小智在坂木的帶領下，來到了富士博士的研究房，富士博士見坂木帶着一個十歲的少年進來了，趕緊過去行禮：“老闆，這位少年應該就是小智了吧？”坂木只是點了點頭，隨即道：“那兩隻超夢怎麼樣了？”富士博士聽到這話，說道：“跟我來。”隨後就帶着坂木和小智來到了三個培養皿前，看到眼前的小愛複製體和兩隻超夢，小智問道：“怎樣才能喚醒它們？”富士博士拿出一塊平板電腦遞給小智，對他說道：“同時釋放超能力，波導之力，常青之力和御龍之力就能夠喚醒它們，用平板電腦和它們交流就行。”
小智照做，坂木這時突然下令：“除了富士博士以外的所有人全都撒出去。”其他人照着坂木的命令撒離了實驗基地。富士博士問坂木：“老闆，小智少爺這一次需要多少時間啊？”坂木看了看小智，回答道：“我也不知道，當初赤虹花了五個月的時間才讓那隻超夢認可他。”
隨着小智不斷地釋放出四種能力，在超夢的意識空間突然出現一個光團，這個光團漸漸地變成了小智的樣子，小智睜開眼睛看了看四周，四周是一個小鎮上的景色，天空中有火燒雲，應該是黃昏之時。
一個聲音傳來：“你是誰？”小智看向那個聲音的來源，一隻幼生體的超夢帶着一個小女孩從背後向小智飄來。小智知道這個女孩就是富士博士的女兒——小愛。就在小智打量着小愛的時候，幼生體超夢再次問道：“你到底是誰？”小智回答道：“我是小智。”超夢看着小智，問：“你就是喚醒我的人？”小智點了點頭，再次說道：“嗯，我知道有關你的所有，包括這個世界。”
超夢再次發問：“你是神嗎？”小智回答道：“不！我可不是神！我是一名穿越者。”超夢又問道：“什麼是穿越者？”小智說：“這個問題很複雜。簡單地說就是我的前世不是這個世界的人，但是我死亡后魂魄通過輪迴來到了這個世界。嗯，這麼說你懂吧？”
超夢更加疑惑了：“魂魄是什麼？輪迴又是什麼？你的前世是什麼樣子的？”小智耐心地解釋着：“魂魄和輪迴我無法向你解答，但是，我的前世……”小智說著說著就陷入了回憶中。
超夢默默地聽着小智的述說，也陷入了沉思中。小愛則是在一旁聽着，始終沒有發出一點聲音。突然，小愛像是感應到了什麼，驚恐地對小智和超夢說道：“你們快點離開這裏！這個空間快崩潰了！”小智大吃一驚：“什麼？”隨即反應過來，問道：“那你呢？小愛！你怎麼辦？富士博士可是一直在等你啊！”
小愛說道：“我個本來應該進入輪迴的人，但是我的爸爸把我的身體放入培養皿中，維持着我的生命，我才能夠在這片空間中活動，現在，我的生命也應該走向盡頭，我也該去輪迴了，認識你們，我真的很開心……”小愛說完，她的身形漸漸消散。
“小愛！”超夢和小智同時喊道。
就在這時，小智突然想到自己的虹色之羽，將虹色之羽拿出來，對超夢說道：“超夢，我需要你的幫助，釋放超能力和波導之力！”超夢看着小智手中的鳳王羽毛，超夢能夠感覺到它可以救她。超夢也不廢話了，和小智對視一眼，一人一寶可夢同時開口：“波導之力，存於我心！”
緊接着，超夢的波導，超能與小智的波導，超能互相融合，小智又釋放了常青之力和御龍之力，鳳王羽毛激活了。
與此同時，鳳王感應到小智激活了它的羽毛，自語道：“這……為了救人嗎？好吧，吾助汝一臂之力！”緊接着鳳王發動鳳凰涅槃，浴火重生之技將小愛的魂魄凝聚回來。鳳王做完這一切，默默地觀察着小智，想看小智之後會怎麼做。
小智是第一次這麼長時間用自己的力量。所以，在退出空間的那一瞬間小智就暈了過去。坂木和富士博士見狀立刻跑了過來，坂木喊道：“小智！小智！你怎麼樣了？小智！”與此同時，被小智喚醒的超夢也打破了培養皿，向小智這邊飛來，它抱起小智檢查了一下，對坂木和富士博士說道：“他沒什麼事，只是長時間維持四種力量，支撐不下去，暈過去了。”坂木看向超夢，想要說什麼，但是話到嘴邊說不出來了。
這時，富士博士看向超夢，問道：“那小愛呢？她怎麼樣了？”超夢看了一眼富士博士，抱着小智起身，邊走邊回答道：“她很好，但是她的身體已經不能容納她的魂魄了，現在只有用超能，波導，御龍，常青四種力量將她的魂魄轉移到那個身體裏了。”說完，超夢用手指了指還在培養皿中的另一個沒有誕生靈魂的超夢。
富士博士聽到這裏，有些難以置信，看向超夢，問道：“沒有別的辦法嗎？”超夢點了點頭，隨後向富士博士解釋了原因。
小智醒了過來，第一眼就看到了自己旁邊的坂木，問道：“坂木大叔，我昏迷了多久？”坂木見小智醒來，趕緊問道：“小智，你怎麼樣？沒事吧？”小智回答道：“沒事！”富士博士見小智醒了，趕緊問小愛的情況到底怎麼回事？小智跟他解釋了一番，富士博士也放下了心中的持念，同時拜託小智一定要照顧好小愛。
小智則是保證自己會照顧好小愛的，與此同時，小愛已經完全掌控了這個超夢的身體，也從培養皿中出來了，一見到小智馬上走過去，給小智一個擁抱，對小智說：“小智哥哥，謝謝你！”小智也笑着說道：“不客氣。”
這時，坂木，富士博士走過來，看着眼前溫馨的一幕，富士博士開口說：“你現在已經不是小愛了吧？那你現在有名字嗎？”
“我叫越夢，和超夢一樣，是超越夢幻的寶可夢。”小愛，不，應該是越夢自我介紹道。
小智默默地說道：“超夢，越夢，超越夢幻……看樣子是基因裏面的記憶了。”接着，超夢也走進來，看到小智醒了，再看向越夢，走到小智的前面，直接問道：“我能跟你一起走嗎？”
小智聽到這話，微微一愣，問：“為什麼？”超夢這樣回答：“跟着你會是一件很有趣的事。”小智聽到這話，苦笑道：“我現在可沒法收服你們。”富士博士這時開口了：“小智，你現在應該還沒有大師球吧？所以，你才這樣說的。跟我來吧。”坂木也說道：“跟他去吧。”
小智就跟着富士博士來到了一個實驗室，富士博士見小智沒有跟進來，也就隨他了，在實驗室拿了兩顆大師球走出實驗室，將他們交給小智，說道：“以後，越夢就交給你了。”小智重重地點頭。
隨後的事情就簡單了，小智用大師球收服了超夢和越夢。跟坂木走出地下室，來到常青道館，小智召回皮卡丘，並將大針蜂收回，在坂木的目送下走出常青道館，小霞和小剛見小智進去這麼久都沒有出來，可能是陷入苦戰了。他們想進入看看，但是被門衛攔下來了。終於小智出來了，兩人趕緊擔心地問小智情況，小智也簡單地說了下跟坂木對戰的情況，但是，對於超夢和越夢小智是閉口不談。
就這樣，小智在獲得綠色徽章后，就有了參加寶可夢聯盟大賽資格，就和小霞，小剛一起踏上了回真新鎮的旅途。