黑暗市
這天，小智一行人來到了一個名為黑暗市的城市。小剛看着四周十分不解地說道：“這座城不太對勁，大白天的，一個人都沒有。”
小智的波導散開，突然，對皮卡丘下令道：“皮卡丘，十萬伏特。”只見皮卡丘對屋頂釋放電流，打中了幾塊石頭，被電流擊中的石頭落在地上。小霞問道：“什麼人？出來！”只見幾個小孩子從屋頂爬下來，一臉敵意地看着小智一行人，其中一個孩子問道：“你們是寶可夢訓練家嗎？”
小智如實回答：“是的，我叫小智。”小剛則說：“我叫小剛，是寶可夢飼育家。”小霞也介紹了一下：“我是小霞。”
不過，小剛立馬就被其中一個拿着棍子的小孩打了一下，小智拉着小霞立刻退後一步，兩人避開了被棍子打中，其中一個孩子生氣地說道：“不管是訓練家，還是飼育家，前面只要加了寶可夢三個字我們就討厭！”
小智本來還想說些什麼的，一位大叔出現了，道歉地說：“請等一下，對不起，這些孩子對你們造成了困擾，請你們來我家，好嗎？我來跟你們說一下原因。”
隨後，小智一行人就和大叔來到他家，大叔也解釋了這裏如今為什麼會這樣的原因。為了成為聯盟正式承認的道館，這裏的亞斯道館和卡茲道館雇傭正在旅行的寶可夢訓練家當打手，一有事情就不分場合地進行寶可夢決鬥。
就在這時，外面突然傳來一陣騷動。大叔馬上說道：“這是亞斯道館和卡茲道館在做鬥爭了。快點進裏屋，被捲入的話就麻煩了。”
聽着外面的騷動，小剛問道：“他們經常這樣子？”大叔肯定地回答道：“是的！”小霞也氣乎乎地說道：“這哪是寶可夢決鬥啊？是不是對寶可夢決鬥有什麼誤解啊？這明明是打群架嘛！”
這時，小智也說道：“我們必須阻止他們。”說完，就向外面跑去。
小智跑到外面后，就聽到了熟悉的台詞。“……（火箭隊經典登場台詞）”沒錯，又是這三人組，不過這次他們是被卡茲道館聘用了。小智見了火箭隊就過去打了個招呼：“火箭隊，是你們啊。”
武藏看到小智隨後就說道：“小鬼頭，原來你們也來了，這樣正好，可以一網打盡。”然後武藏就派出了阿柏怪：“去吧，阿柏怪。”小次郎也派出了雙彈瓦斯：“雙彈瓦斯，你也上。”小智看到火箭隊派出寶可夢了，也立刻派出水伊布：“水伊布，決定是你了。”
小次郎立刻發動攻擊：“雙彈瓦斯，污泥攻擊。”小智看到雙彈瓦斯的污泥攻擊，知道若是命中的話，是有一定的幾率中毒的，對水伊布下令道：“水伊布，溶化。”水伊布變得如水一般，化成一灘，躲過了污泥攻擊。
隨後就到小智攻擊了，只見小智下令道：“水伊布，水槍。”一道水流狠狠地打中了雙彈瓦斯，把雙彈瓦斯打了回去。武藏看到雙彈瓦斯被打回來了，就讓阿柏怪攻擊：“阿柏怪，毒針攻擊。”阿柏怪嘴裏吐出紫色的毒針，朝這邊攻過來。不過，小智這邊立刻下令：“水伊布，用電光一閃。”只見水伊布突然加速，避開了毒針，並且將阿柏怪撞了回去。
最後，小智讓水伊布和皮卡丘聯合攻擊火箭隊“水伊布，極光束；皮卡丘，十萬伏特。”黃色的電流和藍白色的泛着寒氣的射線交融在一起攻向火箭隊。
兩個招式的碰撞，產生了爆炸，於是，在一聲“好討厭的感覺啊！”中，火箭隊又飛走了。
在火箭隊飛走後，小智見這麼亂的場面，對小霞和小剛建議道：“我們去阻止他們吧？”大叔一聽，立刻擔心地勸阻道：“不行啊！太危險了！”小智回應道：“沒事，就當是修行好了。”說完，小智就率先跑了出去，小霞和小剛也隨後跟了上來。
小智一行人剛出來就看到電擊獸把攻向它的亞斯道館的炮灰寶可夢全都打倒了，飛天螳螂也將卡茲道館的路人寶可夢打敗了。
“皮卡丘，就決定是你了。”小智派皮卡丘。
“寶石海星，你去吧。”小霞派出了寶石海星。
“六尾，去吧。”小剛的是火六尾。
亞斯道館館主和卡茲道館館主看到小智一行人派出寶可夢后問道：“你們是什麼人？”
小智皮了一下：“既然你誠心誠意地問了，那我就大發慈悲地告訴你：我們是來阻止你們的人！”然後小智就派皮卡丘去阻止。
“皮卡丘，十萬伏特。”
“寶石海星，水槍。”
“六尾，火焰漩渦。”
大家一起釋放絕招，水槍和十萬伏特向飛天螳螂攻去，火焰漩渦打向了電擊獸。飛天螳螂和電擊獸還沒明白髮生什麼事就雙雙失去戰鬥能力。兩個館主見狀也不管自己的寶可夢了，紛紛拿起棍棒，看來是想打架。小智見狀也在暗中用波導之力凝聚波導彈。
這時出現了一個穿着風衣，帶着帽子和口罩的人開口了：“等一等。”兩個館主則說：“你是什麼人？”那人拿出了一個精靈球說道：“我就是寶可夢聯盟派過來的正義檢查官，去吧！精靈球。”看到精靈球里出來的吉利蛋，小智明白了這是喬伊小姐。
摘掉偽裝后，露出真面目的喬伊小姐對那兩個所謂的道館館主說道：“沒錯！我的真實身份是喬伊，只會利用寶可夢們來打架的人所開的道館是絕對不會得到寶可夢聯盟的正式認可的。”兩個館主一聽這話，立刻沮喪地說：“啊？怎麼會？可以網開一面嗎？”喬伊小姐則說：“你們如果能吸取教訓，不再這樣，就可以重新來過。”兩個館主異口同聲地說道：“我們會的。”
就這樣，事情結束了，小智一行人也在喬伊小姐的帶領下去了寶可夢中心休息了一晚，第二天，在小智交換完寶可夢后，小智一行人繼續旅行着。