45. 平定三叛
但李茂貞得寸進尺，依然不解除對長安的軍事威脅，還是要求殺掉杜讓能，他們才能返回鳳翔。
宰相崔昭緯暗地裏勾結李茂貞，不斷給唐昭宗煽風點火，施加壓力。唐昭宗無奈，只好賜令杜讓能自殺，連同他的弟弟、戶部侍郎杜弘徽也賜死。
朝廷還不忘給杜讓能安一個罪名，說杜讓能推薦的人不忠心，完全憑自己的喜好來推薦人，還說他買官賣官，搜刮很多錢財。
經過這一次兵變，朝廷更加忌憚邠州、岐州，朝廷官員和宦官很多都主動依附李茂貞、王行瑜。朝廷處理政務如果不符合李茂貞、王行瑜的意思，他們就上表指責，態度惡劣。
朝廷讓李茂貞依然擔任鳳翔節度使，再兼山南西道節度使、守中書令。這樣一來，鳳翔、興元、洋州、隴州、秦州等十五州之地，都歸李茂貞所有。
而此前任命的鳳翔節度使徐彥若，中途返回朝廷，改任為御史大夫。
唐昭宗又任命東都留守韋昭度為司徒、門下侍郎、同平章事。
御史中丞崔胤此時也被任命為戶部侍郎、同平章事。此二人都成為宰相級別。
這崔胤家族顯赫，他的爺爺崔從擔任過唐文宗時期的左僕射（宰相級），他的父親崔慎由擔任過同中書門下平章事（宰相級），他的叔叔崔安潛也擔任過檢校司徒同平章事（宰相級）。
但這個崔胤內心陰險，工於心計，又善於阿諛奉承，他巴結崔昭緯，因此被推薦為宰相。他受父親的影響，深恨宦官，後來他與朱溫走的很近，想依靠朱溫掉除宦官。他也因此屢次被罷官，均因朱溫的支持東山再起，先後四次官拜宰相，當時人們稱他為“崔四人”。
鳳翔的李茂貞、邠寧的王行瑜對抗朝廷大獲全勝，李茂貞獲得了地盤，而邠寧節度使兼中書令王行瑜也請求封自己為尚書令。
宰相韋昭度對唐昭宗說：“唐太宗（李世民）以尚書令的職務執政，登皇上大位，從此以後沒有再用此官職授給大臣。只有郭子儀以平定安史之亂的大功拜為尚書令，但他終身不接受。王行瑜怎麼能索要此官職。”
唐昭宗認為有理，最終只授予王行瑜為太師，賜號尚父，仍賜免死鐵券。
到了894年正月，李茂貞入朝時，竟然還帶了很多衛兵前來，氣焰很囂張，數日後才回鳳翔。
李存孝與養父李克用反目成仇后，自893年以來，李存信率領河東軍一直把李存孝圍困在邢州城內。
李存孝也在找機會反擊，曾在夜晚偷襲李存信的營寨，俘獲遼奉誠軍使孫考老。李克用大怒，親自引兵抵近攻打邢州，掘壕溝、修築營寨，隔斷邢州與外界的聯繫。
李存孝經常出兵襲擊，致使壕溝難於順利推進。河東軍的牙將袁奉韜秘密派人勸李存孝說：“大王（李克用）待壕溝修成后就會回到晉陽，你忌憚的只有大王，諸將都不是你的對手。大王回去后，這幾尺寬的壕溝，怎能阻擋你！”
李存孝認為是這樣的，於是就按兵不動，不再四處襲擾城外的河東軍。十幾天後，壕溝與營寨就修成了，李存孝徹底被困在城內了，一籌莫展。
到了894年三月，邢州城內糧食吃完，李存孝沒辦法了，他登上城樓對圍困他的李克用哭訴：“不是我想反對父親，是由於李存信誣陷我不忠心，才導致今天這個局面，我不想再打了”。
李克用的夫人劉氏入邢州城，勸說養子李存孝，並要他向養父請罪。李存孝答應出城，向李克用當面請罪。
李克用拿着李存孝寫給朱溫、王鎔的信怒斥：“這也是李存信逼你乾的嗎？”於是，李克用囚禁了李存孝，率兵回到晉陽，聲稱要把李存孝車裂處死。
李存孝有“三國呂布”的稱號，李克用很愛惜李存孝的勇猛，估計會有人為李存孝求情，然後就可以順水推舟釋放李存孝。
但沒想到的是，軍中的將領都嫉妒李存孝的勇敢無敵，竟然沒有一個人出面求情。李克用只得將李存孝車裂處死，自己為此也很悲傷（李存孝的墓在太原晉源區風峪溝的太山，他還成為當地山神）。李克用上表奏請馬師素為邢州節度使
不久，昭義節度使康君立到晉陽拜見李克用，諸將們聚在一起盡情飲酒。當李克用談起李存孝時，他也禁不住流淚。
康君立因平時與李存信比較親近，對李存孝之死不以為然，不小心說了一句話惹怒李克用，李克用拔出劍就砍向康君立，並把他囚禁在馬步司。（後來，李用克下令釋放康君立，可是康君立已經死了。李克用就上表奏請求任命雲州刺史薛志誠擔任昭義軍留後。）
這年六月，李克用又率軍報復吐谷渾部，殺死其酋長赫連鐸（赫連鐸長期反對李克用），擒獲另一個酋長白義誠，平定了吐谷渾部落。
而楊復恭的反叛也有了結果，894年七月，李茂貞派兵攻打閬州（四川南充的閬中縣），楊復恭與養子躲避在這裏。很快，閬州被攻破，楊復恭、楊守亮、楊守信等人突圍逃走。
楊氏一行準備從商山逃往河東投靠李克用，但到達商州的乾元縣時，遇到華州韓建的軍隊，楊氏一行都成為俘虜。
華州節度使韓建把楊復恭、楊守亮、楊守信父子三人送交朝廷，全部被斬殺。
而楊復恭的另一個養子、綿州刺史楊守厚病死了，他的部將常再榮獻城投降了西川節度使王建。
楊復恭此前寫給義侄子楊守亮的書信（楊守亮實際上是楊復恭的哥哥楊復光的養子），被李茂貞獲得，李茂貞把這封信獻給唐昭宗。。
楊復恭信上告訴山南西道節度使楊守亮說：“唐朝的江山是承襲隋朝的舊業，你只管存積糧食、訓練軍士，不要向朝廷進貢。我當初擁立壽王繼承皇位，但皇帝卻解除了我這個元老，如此忘恩負義的人怎能做天子！”
這個楊守亮身長七尺多，臉色如鐵，人稱“南山一丈黑”。他本名叫訾（zī）亮，當初與弟弟訾信一起追隨王仙芝起義，王仙芝在黃梅縣戰敗而死後，此兄弟二人投靠起義軍將領徐唐莒（jǔ），轉戰在江西洪州、饒州一帶。宦官楊復光平定江西后，訾亮投降，被楊復光收為義子，改姓名為楊守亮。而訾信則成為楊復恭的義子，改名楊守信。當黃巢佔領長安時，楊守亮救助了許多士大夫，幫助他們逃往皇帝的避難地，所以長安人都感激他。