洛奇亞的爆誕
繼續旅行的小智一行人，在海上認識了開船的小美，並且收到小美的邀請來到船上朝下一個小島前進。
“今天天氣真好啊，大家都出來吧”上船后，小霞把神奇寶貝們放出來，大家都到水裏去玩了，當然旱鴨子可達鴨還是只能在船上獃著。
不過好景不長，突然前方出現了大片黑雲，而皮卡丘謹慎的看着那些黑雲，兩個臉頰也開始出現電火花。
“皮卡丘感覺到了嗎”小智摸了摸皮卡丘，皮卡丘對着小智點了點頭。
“不用擔心一切都有我”小智抱起皮卡丘，而小霞也收回她的神奇寶貝。
海上開始出現風浪，船因此劇烈的搖晃，小霞也抱緊波克比，大家只能抱着欄杆，不知道船會飄往何處。不過小智心裏大概知道是怎麼回事了，洛奇亞的劇情要來臨了。而同時，世界各地也出現了各種不同尋常的天氣，也引起各類人士的關注。
等穩住船后，他們已經來到了目的地，小美在船的上方，看着遠方說道“亞細亞島橘子群島海域的盡頭”
“不知道洛奇亞知不知道項鏈的來歷，畢竟海里突然出現那麼巨大的快龍，它應該不會不知道的”聽到小美的話，小智心裏想到，手放在項鏈位置上。然後在水流的帶領下，大家上了亞細亞島。
“終於得救了，也許是我們運氣好吧”從船上下來后，小霞稍微平復了心情的說。
“真的得救了嗎”不過這時小建發現了他們遠方出現了許多的帶着奇怪面具的人，嚇了一跳。
“這不是小美嗎”這時其中一個人一邊說著一邊把面具摘了下來，是一個女人而且認識小美。
“是小優啊”而小美也認識那個女人，原來叫小優“從曼陀林分校分別後，算起來有五年沒見了呢，不過那種打扮是什麼啊”隨後小美又問小優說。
“祭典啦，今天島上會有祭典舉行”小優回答說。
“小優，你還是當上祭典吹笛子的女巫嗎”小美一聽小優的話，就知道了還是以前的祭典，而且小優是充當吹笛子的女巫。
“我現在也不是小孩子了，祭典女巫由我妹妹擔任了”不過小優則是說她不再是祭典女巫了。
“什麼妹妹，誰是祭典女巫了，我當姐姐的妹妹真是不幸”然後看到遠方出現了一個女孩子，不過穿着很現代，而且還帶着一幅墨鏡，和四周的人群看起來有超時代的畫面。
“那是什麼打扮，祭典用的衣服呢”而小優也看着妹妹的衣服不太認同，看來這姐妹倆有點分歧。
“我才不要穿那麼老土的衣服呢，而且祭典是從傍晚才開始的”妹妹吐了吐舌頭，然後回答說。
“真是沒辦法，小美這是我的妹妹芙蘿拉，這樣也能當巫女，時代真是變了”小優向大家解釋了妹妹后，又吐槽了一下“這幾位是”隨後小優看到了小智三人，於是問道。
“他們是神奇寶貝訓練家”小美介紹說。
“神奇寶貝訓練家，太好了”聽了小美的話，大家都激動的歡呼起來，弄的小霞幾人一頭霧水，而小智是知道原因的，看來又要拯救世界了。
“傳說中隨着世界毀滅，海之神出現，並與優秀的指揮者一起平息諸神的憤怒，指揮者也就是訓練家，你就是那個訓練家”而後從人群中走出來一位老爺爺，最後指着小智說他是那個訓練家，也就是指揮者。
“你是神奇寶貝訓練家”這時，芙蘿拉也走了過來打量着小智。
“你好，我叫做小智”小智自我介紹說。
“哎呀，皮卡丘看起來很不錯，不管了按照慣例親一個，這是歡迎之吻”而芙蘿拉聽了小智的話后就要親過來。
而小智看着馬上要親過來的芙蘿拉，立刻就慌了起來，雖然瑟蕾娜不在這裏，但小霞在這裏啊，不知道她會不會吃醋的，不過還是被芙蘿拉在臉上輕輕點一下。
“等等，這是什麼慣例啊”小霞這時才反應過來了，迅速上前去，擋在小智面前，對芙蘿拉說道。
“祭典開始了”老爺爺這時宣佈祭典活動開始了，而小智他們也隨着人群加入了祭典當中。
“這邊的祭典真的不錯啊”跟着祭典活動了一會兒后，小智坐在一旁大吃特吃，而在它一旁的神奇寶貝也加入戰局，小智對它們說等一下會有很麻煩的戰鬥，現在它們都在養精蓄銳。
“是啊”小霞也慢慢融入慶典了。
“是那個女孩，我看出來了”突然傳出一陣悅耳的笛聲，而後前方的平台上出現了一位女孩，頭戴白紗，一邊跳着舞一邊吹着笛子，很是夢幻，而小建則是說道。
“真的很漂亮”小智讚美了一句，不過下一句卻是“真的是同一個人嗎”
“天地憤怒世界毀滅之際，海之神出現，與優秀的指揮者一同平息諸神的憤怒，小智如果你真是那個優秀的指揮者的話，就請給我們看證據吧，到附近三個島拿到三個寶物，然後放到島上的祭壇上，然後由我來向眾神吹奏奉獻之笛，這樣就結束了”芙蘿拉跳完舞后就走到小智他們面前並且對小智說。
“那寶物在哪裏”小智故意問道。
“在各個島的神社中”芙蘿拉一邊吃着一邊回答說“而且到島上有船，到神社還有樓梯，很簡單的”芙蘿拉又解釋了一番，看來歷年來的祭典都很簡單，不過小智想說今年可是不一樣的。
“那我們現在就出發吧”小智想到這件事情越早處理越好，於是現在就出發。
“不用着急，祭典要持續到明天，明天早上再去也來的及”而芙蘿拉則是覺得事情很簡單，不需急着去。
“還是現在去，早點結束比較好，今天的事今天完成。小霞你們就待在這裏等我的好消息吧”而小智則是堅持自己的想法，收起神奇寶貝，帶着皮卡丘就出去了。
“小智等等”小霞還沒說完，小智便離開了他們的視線。
“船我來開吧，我送小智先去火之島”小美這時也跑了出去，說要載小智過去。
可惜，船剛到一半，海上就起了風浪，這讓小智有點進退兩難。
而就在此同時，大木博士研究所“橘子群島是小智他們現在旅行的地方？如果發生危險，小智一定又會獨自去面對”聽了新聞說是橘子群島的海底洋流發生了變化后，小智媽媽擔心的說。而後大木博士也接到了內木博士的電話，說橘子群島的神奇寶貝們也發生了異動。
“終於到岸了”經過了一路的顛簸后，終於平安的抵達火之島，不過把眼睛裏的蚊香去掉就真的平安到達。
“船長在這裏等我吧”小智說了一聲后，然後帶着皮卡丘就朝神社跑去。
“這個應該就是寶物了，時間緊迫，我還是快點離開好了”到神社的路上可以說比較安全，沒有發生什麼事情，而後就看到前面一個建築物里有一個紅色發光的珠子，小智看着它自言自語的說到。
當小智走上前去，把珠子拿了下來，而後就看到紅色珠子裏好像有一股火焰在燃燒，拿起來感覺很溫暖，小智也沒管那麼多，收起來就要去下一個島拿其他的寶物。
不過離開的時候又遇到攔路虎
“火箭隊經典台詞”
“火箭隊，我今天很忙，沒時間和你們耗”小智知道今天拖越久就會越麻煩，所以沒有時間浪費在火箭隊身上。
“你忙關我們什麼事，把皮卡丘交出來就放你過去”武藏則還是想要抓皮丘。
“你們的對手是我們，小智你快去別的島，這裏我們幫你擋住”這時小霞他們跑了過來，擋在了火箭隊面前。
“小霞你們怎麼來了”小智問道。
小霞還沒有解釋，又出現意外了。
就在這時突然有大量的閃電襲來，閃電到處肆虐。
“那是”對於出現冒着閃電的黃色大鳥，小建非常的好奇。
“閃電鳥，電和飛行系的神奇寶貝，同樣也是傳說中的神奇寶貝”小智嚴肅的看着閃電鳥，他現在沒有時間和閃電鳥打。而與此同時，閃電鳥也停在了神社上，身體四周發出大量的電流，而本來的火山口也被電流而改變了。
“怎麼回事”小霞感到自己好像有點飄起來的感覺很是擔憂。
“是電氣場地，它在改變這裏的場地屬性”小智說到。
“原來如此啊喵”喵喵在旁邊也隨後說道。
皮卡丘放出電流和閃電鳥交流。
“這種攻擊根本就無效”武藏看到后則是很不解。
“不是在攻擊，是嘗試交流啊喵，這是電系神奇寶貝的交流方式，它說這裏明明是火焰鳥的島，為什麼要到這裏來喵”喵喵翻譯說。
皮卡丘看到沒有反應於是加大了電流輸出，終於使電流纏繞上了閃電鳥，閃電鳥開始變得不耐煩了，也隨後給了回應。
“它說這個島的主人已經不見了，既然不在了，就由我來支配這個島喵”喵喵為大家翻譯，閃電鳥也隨後放出更多的電流，好像是要徹底的改變這個地方，來適應自己，不過突然所有的電流都開始向上傳去，彷彿受到了什麼吸引一般。
“那個是什麼”而後就在大家的眼前出現了一個龐大的飛行物，小次郎吃驚的喊道。
兩個方形金屬物突然把小智一行人和火箭隊圈了起來，而後另外兩個金屬物也把閃電鳥給關了起來，隨後帶着大家向飛行物飛去。
“是火焰鳥”進了飛行物后，小智就看到了旁邊被關着的火焰鳥。
“原來火焰鳥被抓來了”芙蘿拉聽了小智的話後有點吃驚。
“你們是沒收到邀請來到這裏的人，覺得如何火之神火焰鳥、雷之神閃電鳥，我的新收藏品”這時從上方出來一個人，並對小智他們說道。
“等一下大叔，收服神奇寶貝為什麼不放在神奇寶貝球里，這樣不就是侮辱他們嗎”小霞聽了大叔的話很生氣，對着大叔喊道。
“我不是神奇寶貝訓練家，是收藏家，能用我的眼睛看到的東西，才是收藏品”大叔說完后，就把小智他們從關的地方放了出來。
“急凍鳥，開始行動了”這時大叔前面出現了一段影像，是急凍鳥“要出來了，冰之神”隨後大叔就上去了，完全沒管小智他們，看來認為小智他們翻不出什麼大浪。
而此時，全世界的神奇寶貝們都開始向亞細亞島前進，大木博士和小智的媽媽也乘上了前往橘子群島的飛行船。
“這裏好像寫着什麼”芙蘿拉看着旁邊的石板。
“火之神、雷之神和冰之神不可以擅自觸及，否則天地的憤怒將令世界走向滅亡”芙蘿拉為大家翻譯石碑上的文字。
“怎麼會這麼嚴重”小霞驚呼到，這確實難以讓人相信。
“如果世界滅亡了，就沒有精靈可抓了，我們會失業的喵”喵喵這時想到自己會失業。
“小霞你們讓開，我來救火焰鳥它們”小智示意他們退後，然後拿出神奇寶貝球。
“出來吧噴火龍，妙蛙花”小智放出兩個大將“噴火龍對着火焰鳥使出爆炎電擊，妙蛙花對着閃電鳥使出陽光烈焰”它們兩個的攻擊足以破壞那些金屬物。
隨着一聲巨響，火焰鳥和閃電鳥成功脫逃了。
“成功了”看到火焰鳥和閃電鳥逃了出來，小霞高興的喊道。
“是啊”小智也很高興，不過它們現在正處於憤怒狀態，隨後它們就撞破牆壁飛了出去，開始破壞飛行物。
“怎麼辦要撞上了”由於飛行物被火焰鳥和閃電鳥破壞，所以失控了，開始向下墜去，看着向下墜去的飛行物，火箭隊擔憂的喊了起來。
“大家快點抓住噴火龍”小智收回妙蛙花，然後一起離開飛行物，至於火箭隊就只能祈禱他們安全了，小智實在無暇顧及了，不過以他們的“壞人主角光環”或許除了自己就他們最不怕死了。
“小智你看”成功着陸后，小霞指着前方對小智說道。
“看來我們降落在雷之島了，我正好需要這裏的寶珠，你們等我一下”看到前方的神社和黃色的寶珠，小智就知道是到了雷之島，而後就上前把寶物拿到了手，黃色的透明寶珠裏面有電流在亂動，而且有麻麻的感覺傳來，像皮卡丘的電擊療法，小智趕緊把它放到口袋裏，而後帶着大家離開。
“他們完全憤怒了”隨後傳來火箭隊的聲音，看來他們也安全着陸了，不過火焰鳥、閃電鳥和不知什麼時候出來的急凍鳥憤怒了，開始亂放技能，完全變成一場大亂斗。
“我們快點到祭台上去”等它們到祭台的時，一隻河馬王正等着他們。
“把寶物放到那裏”河馬王用心靈感應對着小智說道。
小智聽后立刻向那邊跑去，把火之寶物和雷之寶物放到了祭台對應的位置上。
“他們過來了”小霞這時看着向這邊一邊飛一邊放着技能的火焰鳥、閃電鳥和急凍鳥，對小智說道。
“可惡我們還差一個”小智說到。
“海之神洛奇亞”不過就在他們到的時候，從海里傳來一股漩渦激流，把他們阻礙在了外面，而後出現了一隻神奇寶貝，河馬王看到神奇寶貝的真容后說道。
“這是海之神”芙蘿拉聽了河馬王的話重複說。
“海之神只有在拯救世界的時候才會出現，不過也無法阻礙世界的滅亡”芙蘿拉看着天空中和火焰鳥、閃電鳥、急凍鳥纏鬥的洛奇亞說道，看來她知道一些傳說。
“只有當火之神、雷之神和冰之神擁有的寶物與海之笛調和的時候，才能消除他們的憤怒，現在能完成這件事的只有優秀的指揮者——小智”而後洛奇亞通過心電感應向小智表達了解決這次事情的方法。
“為什麼你會知道我？不過算啦，大家就在這裏等我吧”小智這時站了出來。
“可是小智”小霞還想說些什麼，不過被小智打斷了。
“我拿到兩個寶物了，只剩下冰之寶物，我現在站在拯救世界最近的位置，雖然這一路也許會很艱難，可是我想要拯救這個世界，如果世界毀滅了，就沒有神奇寶貝了，沒有大家了，我不能讓世界毀滅，而且傳說中也只有優秀的人類指揮者才能拯救這個世界，我現在是最符合的了”小智也看着前方的冰之島和火焰鳥、閃電鳥、急凍鳥。
“我們走吧洛奇亞”小智騎着洛奇亞離開了。
在騎着洛奇亞前進的時候，三隻鳥發現了小智它們，火焰鳥不斷的釋放噴射火焰，閃電鳥釋放十萬伏特，急凍鳥釋放急凍光線，不過洛奇亞都用技能和防護罩給擋住了，不過這撐不了多久。
“出來吧噴火龍，水箭龜，妙蛙花”小智決定派神奇寶貝拖延一下它們。“水箭龜對付火焰鳥，妙蛙花對付閃電鳥，噴火龍對付急凍鳥”
面對三聖鳥，噴火龍它們都是很傲的神奇寶貝，毫不畏懼的對着它們出招。
雖然一開始大家和三聖鳥不相上下，隨着時間拖延，逐漸大家都落入下風了。
“可惡，難道真的只能這樣嗎”小智從背包里拿出噴火龍和妙蛙花的mega進化石。
他之前一直不用mega進化，是因為他覺得神奇寶貝它們本身的潛力還沒有完全挖掘出來，貿然使用mega進化會讓它們產生過分依賴，這對它們的未來發展是種弊端，所以決鬥場上他寧願輸，也不願提前使用mega進化，不過現在情況不一樣只能破例了。
不過看着手裏只有兩個mega進化石，他突然在想水箭龜怎麼辦，看來只能在旁輔助攻擊了。
不過洛奇亞眼睛向後看了看小智，似乎知道小智有困難，它用念力從羽毛里取出一樣東西，飛到小智手裏。
“洛奇亞這是”小智看到飛到自己手裏的東西居然是mega進化石，還是水箭龜的。
“這是我在海里一個遺迹中發現的，當初發現它的不一樣，所以就收藏了，現在送給你了，反正留給我也沒什麼用”洛奇亞說到。
“那真是謝謝你了洛奇亞”小智說到，對他來說得到這個是一件開心的事。
“洛奇亞麻煩你把大家都傳送過來”小智對洛奇亞說道。
“沒問題”不一會大家都出現在小智面前。
火焰鳥它們突然發現那些膽大妄為的傢伙突然不見了，等它們回過神來看到全在洛奇亞那裏，氣沖沖的殺了過來。
“各位接住這個”小智將mega進化石對應拋給了噴火龍，水箭龜和妙蛙花。
然後將項鏈拿了出來，緊緊的握住它，這也是他第一次使用mega進化，心中有一絲緊張。
小智先閉上眼睛，然後舒一口氣，睜開那充滿自信的眼睛，全身散發著淡藍色的波導喊道“噴火龍，水箭龜，妙蛙花mega進化”
一聲巨吼響徹天地，就連遠處的小霞她們也發現了洛奇亞那裏的情況。
“那是什麼”小建指着那個方向，他們只看到三條如同基因鏈一樣的東西，散發著光芒。
而小智這邊，key石分出三條半截的鏈條，同噴火龍它們對接，光芒包裹着它們。
等光芒散去后，小智直接後退倒下，大口大口的喘氣。
“小智沒事吧”皮卡丘擔心道。
“我沒事，就是有點用力過度一樣，休息一下就好，mega噴火龍，mega水箭龜，mega妙蛙花你們的任務還是阻止三聖鳥”小智摸了摸皮卡丘同時給噴火龍他們下令到。
噴火龍它們對着小智點了點頭，朝三聖鳥沖了過去。
小智這邊有噴火龍它們的阻擋，很順利的來到了冰之島，穿過冰之森林來到了冰之洞穴，小智他們在經過了長長的冰之洞穴后成功的平安到達了冰之島的神社。
“終於拿到冰之寶物了”小智看到神社后，就立刻跑上去將寶物拿了下來，藍色的寶珠中有藍色的冰凍射線在跳動，還有涼涼的感覺，小智馬上將他收起來。
“寶物呢”沿着冰山向下跑去，洛奇亞出現並問小智。
“當然拿到了”小智拿出寶物給洛奇亞看。
“上來吧”隨後洛奇亞就把小智馱上了背，不過這時一道火焰和閃電打了過來，洛奇亞馬上開啟防護罩，趕緊離開這裏，火焰鳥和閃電鳥在後面緊追不捨。
“看來即使得到新力量，現在也不是這些神獸的對手”小智的想法沒錯，火焰鳥它們經過了那麼長歲月的時間，除了見識短一些，戰鬥經驗卻非常豐富的。
“噴火龍，水箭龜，妙蛙花再拖住它們一會兒就可以了”小智大喊道。
“洛奇亞加快速度”暫時擺脫了火焰鳥和閃電鳥的糾纏，小智對洛奇亞說道。
“我明白”而後洛奇亞也全力加速，現在天氣由於三神鳥長時間失控，天氣開始反覆無常起來，烏雲遮蔽了天空，不斷的劈着閃電，飄着雪花，還有龍捲風從水中卷出。
“洛奇亞，小心後面”就在馬上到達祭壇的時候，突然從後方飛來四個三角形的金屬環，小智一看，是那個收藏者的機器，於是提醒洛奇亞，而後洛奇亞也反應過來，使用了它的專屬技能空中爆破，金色的能量呈射線遠距離的射向墜落於雷之島的飛行物，直接把它破壞掉了，而沒了飛行物的控制，金屬環無力的掉了下去。
“小智快點過來”沒了阻礙，終於平安到達了祭壇所在的位置，小霞她們也跑了過來。
“我沒事，第三個寶物我也拿到了”小智立刻跑上祭壇，把最後的寶物放到了所處的位置“芙蘿拉剩下的拜託你了”看到三個寶物就位后開始發出紅色、黃色和藍色的光芒，最後綜合為綠色充填於祭壇，並從中流出綠色的泉水，綠色的泉水把周圍的銘文充填后，攀上四周的七根石柱，把石柱轉變為了翡翠，小智對芙蘿拉喊道。
隨後芙蘿拉走上祭壇，吹奏起了笛子，隨着笛聲不斷傳播，七根翡翠般的石柱也隨着韻律和音符而發光，綠色的泉水不斷的湧出，從祭壇向下流去，泉水向大海遠處擴散，綠色的開始暈染，大海完全染成了發光的綠色。
而就在這時，火焰鳥、閃電鳥和急凍鳥也隨之復原了，圍繞在四周飛舞。烏雲散去，天空開始慢慢放晴，明媚的陽光照耀着大地，覆蓋的冰雪慢慢消融，綠光散盡后大海終於又呈現了藍色，展現了它的廣博。
“上來吧小智”洛奇亞看到世界復原后，俯下身對小智說道。
“好”而小智則非常高興的攀上洛奇亞的背，皮卡丘也跳上了小智的肩膀，而後洛奇亞就帶着小智飛上了大海的天空，小智俯瞰着下方的大海非常的興奮，途中小智把噴火龍它們收回球里，經歷了這麼一場大戰，它們現在需要休息。
雖然剛才也經過，不過那時是要帶回冰之寶物沒有時間欣賞，而且這時洛奇亞的身後從海裏帶出一股海流，在空中前進，非常壯觀，火焰鳥、閃電鳥和急凍鳥也飛在一旁，之前來橘子群島的神奇寶貝們也要各自回自己的故鄉了，現在是真正的天海交融了。
飛行了一段時間后，海流回落於大海中了，火焰鳥、閃電鳥和急凍鳥也飛回了自己的島嶼，洛奇亞則是把小智送到了祭壇所在的島上，芙蘿拉這時也停止了吹奏，祭壇也恢復了原樣。
“就把我當成傳說中的存在吧，對於這個世界來說也是一種幸福”事情都圓滿的結束了，時間也到了傍晚，紅色的夕陽映照着大家，大海也被染成了紅色，洛奇亞此時也要離開了，他通過心靈感應對大家說道。
“洛奇亞，你認不認識這個，這是用你和鳳王的羽毛做的”小智舉起來它的項鏈和GS球。
洛奇亞看了看項鏈，又看了看GS球說“小智這是你應得的，具體的我不太清楚，現在也不能告訴你”隨後洛奇亞就潛入了水中離開了。
“這是我應得的，到底是怎麼回事”小智在洛奇亞那裏不但沒有得到答案，反而得到了更多的疑問。
“小智，小智”這時一旁有人在呼喊小智打斷了小智的思路。
“媽媽”原來是小智的媽媽他們終於從祭壇后的山上爬了上來，小智看着急切跑過來的媽媽，卻非常的尷尬，他沒聽媽媽的話。
“小智我看到了，為什麼做這麼危險的事，總是把自己置身於危險之中”小智的媽媽氣喘吁吁的跑過來就非常生氣的問小智說。
“可是小智拯救了這個世界”小霞則是在一旁替小智說話，希望緩解一下氣氛。
“快點來研究這件事吧，返回真新鎮了”大木博士剛到這裏后就急着回去研究了，小智的媽媽因為是同一班機，所以也只好跟着走了，小智本來還想和媽媽多聊一會兒呢，不過現在沒有機會了
又解決了一件事，第二天，小智他們又要踏上旅行，島上的居民都為小智送行。