旅行開始
“甲賀忍蛙失去戰鬥能力，獲勝者是阿嵐選手”
“如果我是小智的話就不會使用一個地區的精靈，合眾聯盟阪垣大會也是的，如果使用以前一些老將的話，聯盟冠軍說不定就拿到手了”
這就是我們的主人公，名字和神奇寶貝主角一樣都叫小智。
就在這時他的面前出現一個裂縫，並且從裏面發出了一到強有力的電擊，就這樣我們的主角光榮犧牲了。
這個時候某個空間裏有個老頭不停的來回走動“怎麼辦啊，練習落雷術的時候突然出現時空裂縫，並且還打死了一個人，得想辦法讓他活着，否則被秩序管理者查到就完蛋了，那傢伙死之前好像在抱怨什麼，就把他弄到那個世界裏完成心愿吧”（就這樣小智就來到了神奇寶貝世界）
在另一邊，真新鎮的一所醫院裏，突然出現一陣孩子的哭聲，就這樣小智出生了
幾年後
“小智快點起來，待會要到大木博士那裏，再不快點就遲到了”
“知道了，皮卡丘你先下去”
皮卡丘出去后，小智看了看鏡子裏的自己，裏面是一個穿着藍白色外套和淡藍色牛仔褲，黑髮黑瞳，頭戴一頂聯盟販售的限量版藍白帽子。
“來到這裏已經十四年了”（小智十歲時獲得皮卡丘並覺醒波導之力，而且這裏並不是十歲開始旅遊，十歲能幹什麼呢）
“媽，我吃飽了，先去研究所了，在明年旅行前，我想先出去旅遊一下”（離正式出發旅行還有一年，小智想在正式出發前鍛煉一番）
“知道了，出門在外小心一點，皮卡丘小智就麻煩你照顧了”
“沒問題”
“媽也真是的，到時候還不知道誰照顧誰呢”
“咋兩半斤八兩，相互照顧”
“大木博士，有些事想麻煩你”
“原來是小智啊，有什麼事你就說吧”
“我想在正式旅行前鍛煉一番，所以想請你提前把神奇寶貝圖鑑和精靈球給我，並且把神奇寶貝圖鑑升級成全國圖鑑”
“這個是沒問題了，可是你媽媽同意你現在出去嗎”
“我跟老媽說過了，老媽也同意我先出去鍛煉一番”
“那好，給這是精靈球和神奇寶貝圖鑑”
“大木博士那我先走了，一年後我在回來和大家一起出發去旅行”
小智背着旅行包，肩膀上坐着皮卡丘就這樣離開了真新鎮開始了旅行之前的遊歷。
一年後
在真新鎮外的一處小山坡上突然出現了一個人，原來是一年前出去遊歷回來的小智。
“終於回來了，再也不用吃樹果了你說是不是啊皮卡丘”
“沒錯，終於不用吃樹果了，小智我們趕緊回家吧”
“皮卡丘，在回家之前我們先去一下大木博士那，看看離正式旅行還有多長時間”
就這樣一人一寵以風一般的速度來到了大木研究所，在大木研究所找了一圈都沒發現大木博士，所以小智決定先回家問問媽媽大木博士去哪了。
真新鎮小智家裏，大木博士，死對頭小茂都在這裏。
“明天就是出發的日子不知道小智能不能趕回來”小智的媽媽說道“我們明天就要出發了，怎麼小智還沒回來了，是不是迷路了”小茂不經說道。正當大木博士不知道怎麼回答的時候，小智家的門打開了，一隻皮卡丘跑了進來直接睡在了沙發上。
“咦，這不是小智的皮卡丘”大木博士看了一眼說到，“皮卡丘小智呢”小智的媽媽問出了大家都想知道的問題。“不用擔心，我說過在旅行前會回來的”門口出現了一個身影。
“小智”小智的媽媽一眼就認出了他的兒子“博士，我找你半天了，原來你在我家啊”小智忍不住發牢騷。
“小智你這個吊車尾回來了，我還以為你會在半路上迷路呢”“小茂，你什麼時候來我家的，我剛才怎麼沒看見你呢”“這個先別管了，你先把你的神奇寶貝圖鑑給我看一下，我這裏其他地區的資料少的可憐”大木博士說道。
“博士淡定點，激動傷身體，給你”“小智，這次帶回來的圖鑑雖然少，但也夠我研究一陣子了”大木博士欣喜說道。小智額頭出現冷汗“沒想到博士竟是個工作狂”
第二天，大木研究所，新人訓練家旅行前“小茂，你的傑尼龜要好好培育”大木博士拿着傑尼龜的精靈球遞給小茂。“傑尼龜，我們一起努力成為神奇寶貝大師”小茂興奮的說道“小智，現在我也有神奇寶貝了，不如我們來一場戰鬥吧”小智點頭同意后，大木博士走出來說到“那麼我當裁判吧”
“真新鎮的小茂對真新鎮的小智，一對一比賽開始”“去吧傑尼龜”小茂扔球的動作太騷包了，小智扔出了精靈球說到“力壯雞，交給你了”
“傑尼龜用水槍”小茂先發制人。
“力壯雞挖洞”
“傑尼龜對着洞裏用水槍”傑尼龜慢慢的跑向洞口。
“傑尼龜的速度太慢了，力壯雞劈開”
“傑尼龜失去戰鬥能力，力壯雞獲勝，勝利者是小智”大木博士宣佈完結果后，對小茂說“小茂這場戰鬥希望你能明白，你要學的還有很多”
“博士說的不錯，你如果能徒步旅行，這樣不僅有趣，而且對自己和神奇寶貝都是一種鍛煉”這時力壯雞身上發出一陣白光，白光消失后出現的是一隻威猛的火焰雞，小茂低頭沉思了一會後“我會腳踏實地的走，小智下次見面我們再打一場，爺爺那我先走了”說完，小茂就跑了“謝謝你小智，要是沒有你，我這孫子還不知道人外有人呢”
“小茂是我的朋友和死對頭，他能進步對我來說也是一種動力，那麼大木博士我也出發了”
“小智你注意安全，多收服一些神奇寶貝回來給我做研究”
看着身後逐漸消失的真新鎮，小智和皮卡丘懷着愉快的心情走進了森林中，深深的呼吸了一口帶着芳香的空氣，小智不由得舒服的伸展開雙臂，這種清新的空氣真是讓人享受，森林中一切都是那麼和諧，眼前成群的波波飛來飛去，不時有幾隻綠毛蟲鑽出草叢，好奇的打量着這個拜訪者。在如此舒服的環境裏，小智沒有戰鬥的想法，只想四仰八叉的躺在草地上，享受這寧靜的片刻。
“皮卡丘跑快點，不然就被它們追上了”
小智一邊狂奔，一邊和旁邊的皮卡丘時不時偷襲一下，這一路驚走了多少神奇寶貝，但卻沒有驚住後面的一大群烈雀。
“這還不是你的錯”
“真是對不起啦，皮卡丘我也沒想到會惹到這麼多烈雀”
“算了，主人，這場景讓我想起我們相遇的時候”
“是啊，不過唯一的區別是這次烈雀太多了”
小智和皮卡丘邊跑邊笑，很瀟洒，而追他們的烈雀們卻苦不堪言，怒火中燒。一些烈雀的速度越來越快，有些還使出高速移動和電光一閃，不過還是不能追上小智。
這也是小智訓練一年的結果。小智知道未來會遇上許多危險，所以他努力學習野外生存技能（廚藝不在生存技能內），其中速度是他最好的技能（俗話說得好，打不過就跑）。
“皮卡丘，前面是瀑布”
“怎麼辦小智”
“沒辦法了，我們只能跳下去，我早就想試試高空蹦極的感覺”
“主人說的也是，這一年我們各種危險都遇到過，就是高空蹦極沒試過”
瀑布下游，一位扎着馬尾的少女正在垂釣。少女抬頭看了看開始變得陰沉的天空，然後無奈地收起自己的魚竿，自己這個世界級美少女本以為能釣到稀有或強大的水系神奇寶貝，可在這裏一連幾天也沒見到其它水系神奇寶貝，除了鯉魚王，還是鯉魚王。正當少女收竿的時候，魚竿傳來一陣大力，少女吃力地拉着魚竿，等她發力，將這個大傢伙拉上來的時候才發現原來是個人。小霞看着這個長的可以說帥氣的少年，正想說些什麼，沒想到對方比她更快。
“不好，烈雀又追過來了”看到邊上正好有單車，就調轉頭來，對小霞說“你的單車借我一用，你先去常磐市，等我甩開烈雀群，我會在常磐市的神奇寶貝中心把車還給你”
小霞看着揚長而去的小智和頭上呼嘯而過的烈雀群，一陣氣憤“怎麼會有這種人”只好無奈的背着包，一步一步走向常磐市。
另一邊，小智有了單車后速度也快了不少，但烈雀群依然窮追不捨“不行了，就算到了城市也會引發恐慌的，不能再跑了皮卡丘，使用十萬伏特把他們打下來”
“沒問題主人”皮卡丘在單車後座那進行一陣狂轟亂炸後放倒了一半的烈雀，但體力也即將耗盡，因為烈雀實在太多了。而烈雀看到同胞一個一個不斷的倒下，更激起了它們的憤怒，它們紅着眼，不計後果的沖向小智。
小智對此也眉頭緊鎖，這時天上開始下雨，不時還出現閃電。小智突然想到，可以藉助雷電來打敗烈雀，於是下令“皮卡丘，藉助雷電的力量，使用電擊引導雷電，向烈雀們使出打雷”
不過說完他就有點後悔了，皮卡丘站在車尾上，用電擊引下雷電給烈雀們來了個真·打雷，而自己也受到雷擊。
“終於結束了”小智和皮卡丘虛脫的躺在地上。這時天空的烏雲已經散去，露出久違的陽光，天空出現了一條美麗的彩虹，而森林裏飛出了一隻美麗的大鳥，這隻大鳥的美麗比彩虹更加耀眼“那就是鳳王，真漂亮”小智抱着皮卡丘站起來說道，順便掏出圖鑑記錄鳳王飛過的畫面，並大聲說道“皮卡丘，那就是神獸鳳王，它是站在世界巔峰的神奇寶貝，我們一起努力打敗他”“沒問題主人”
看着鳳王慢慢消失，小智將皮卡丘放在肩上，皮卡丘因為太累了開始慢慢睡去，抬着變成吃剩下的魚骨頭一樣的單車，慢慢的走向了常磐市。