第二章 神奇寶貝中心的對決
小智根據城鎮地圖從原來劇情中的小智因為皮卡丘受傷而跳下的瀑布旁找了條小路，走道路中間，小智看到了一輛腳踏車，還看到在旁邊的小河坐着一位女生在釣魚，小智一看就知道是小霞，便走過去跟他打個招呼。
“你好，你是在釣什麼水系神奇寶貝”，小智跟小霞到了個招呼說道。
“你好，沒錯，我聽說這條河裏有條暴鯉龍就想看看”，小霞回應小智並解釋自己釣魚的原因。
“看樣子你喜歡水系神奇寶貝，對了，忘了自我介紹了，我是真新鎮的小智，正在以成為神奇寶貝大師為目標做修行之旅”，小智向小霞介紹自己。
“嗯，我是華藍市的小霞，已成為最厲害水系神奇寶貝訓練家為目標”，小霞也同小智介紹了自己。
“對了，要不要一起旅行，一個人旅行總覺得缺了點什麼”，小智向小霞提出邀請，因為小霞也是劇情的一部分啊。
“可以啊，一個人也是一個人，不如大家一起旅行”，小霞表示同意了小智的邀請加入了隊伍，這時天空開始下起雨來了，小智和小霞躲到了樹下，按常理下雨天不應該多樹下的，可是小智他們也沒辦法，沒帶傘也不肯被淋濕。
小智突然想起來雨後會有鳳王出現，小智就找找看圖鑑有沒有照相功能“找到了”，“你找的什麼”小霞疑惑的問道，“沒什麼，只是找到了圖鑑的照相功能”，小智摸摸後腦勺尷尬的問道，“皮卡~”皮卡丘為了刷存在感終於出來。
“哇，好可愛的皮卡丘~”小霞看到皮卡丘想過去抱起來，“小霞~別”小智馬上叫住小霞，怕皮卡丘會電小霞，“皮卡~~”可是皮卡丘不僅沒有電小霞還很開心呢“皮卡丘~”小智有的輸了人生的感覺。
雨停后，天邊出現了一道彩虹，這時一隻美麗的鳥從彩虹的一端飛來，小霞和小智看着這美麗的畫面，有點陶醉，不過小智也沒忘了拍照。就在鳳王飛到彩虹的中間的時候，突然看向了小智一眼，彷彿被什麼選中了一樣的感覺。
“小智這是什麼神奇寶貝”，小霞詢問小智，小智只能說自己也不知道，小霞也就過去了。
結伴向常磐市進發的小智和小霞兩個人，終於在傍晚時分，走到了常磐市。
“停，可疑的人不準通過”，剛到常磐市的入口處，君莎小姐就把小智和小霞給攔了下來。
“我們不是壞人了，我們是神奇寶貝訓練家”，小霞聽到被懷疑是壞人，立刻辯解說。
“那給我看你們的身份證明，好不好”，君莎小姐這時說道。
“給”，小智當然知道神奇寶貝圖鑑就是身份證明，就拿出來給君沙小姐看。
“這個神奇寶貝圖鑑贈送給小智，加油吧，神奇寶貝訓練家，另外這個神奇寶貝圖鑑一旦失竊就無法補發，所以請多多注意了，真新鎮大木博士留言”，君莎小姐按了幾個鈕后，圖鑑里就傳出了大木博士的聲音。
“好了，還給你，你們可以通過了，我是這裏的警察，叫做君莎，如果你們在這裏有什麼問題的話，可以找我，同時你們也別想做什麼壞事哦”，君莎小姐把圖鑑還給小智後繼續說道。
“好，我們知道了，那再見了”，小智結果圖鑑后就和君莎小姐道別了，然後就和小霞一起向神奇寶貝中心走去，小智他們走後，君莎小姐也去鎮子裏巡邏了。
在他們走後，上方有一隻喵喵形狀的熱氣球也隨後飄了進來，並遞下來一根繩子，繩子上有個鉤子，把貼在告示牌上的通緝令給撕了下來。
小智和小霞走向了神奇寶貝中心，“喬伊小姐，我們的神奇寶貝就交給你了”，小智和小霞把自己的神奇寶貝交給了喬伊小姐。
“好，沒問題，就交給我喬伊吧”，喬伊小姐微笑着收下了皮卡丘和bobo的寶貝球，並把它交個了一旁的吉利蛋。
“小霞，我去那邊打個電話，你就先休息一會吧”，小智對小霞說道。
“哦，你去吧，我在這等你”，小霞和睦的對小智說道。
“喂，我是小智的媽媽”，剛接通電話，就看到媽媽正敷着面膜，頭髮也用毛巾裹着，看起來是剛洗完澡。
“媽”，小智看到媽媽的樣子后無奈的說。
“喂，是小智嗎，你這麼快就到常磐市了，想當年，你把走到常磐市花了整整四天的時間呢，沒有想到你一天就到了，你比你爸還厲害呢”，聽到小智的聲音，花子立刻扔掉了面膜和毛巾，高興的說。
“我當然比爸爸厲害了”，小智回答說。
“你早晚都有刷一次牙吧，好像有一句話叫做，犬父無虎子哈市虎子無犬父的什麼的”，花子正在想了是那句成語來着。
“是虎父無犬子啦”，小智在想怎麼會有這樣尷尬的媽。
“你要加油，一定要成為超越你爸和你爺爺的神奇寶貝訓練家，加油哦”，這時小智的媽媽對着小智鼓勵說。
“嗯，我會的，對了，我現在是和一位剛認識女生一起旅行，我們會互相照顧的，你就不用擔心了”，小智想了想還是把和小霞一起旅行的事告訴了媽媽。
“那很好啊，記得以後帶來給媽媽看看，還有記得早晚都要刷牙哦”，小智的媽媽還是挺好說話的。
“什麼嘛，沒有的事”，聽到囑咐刷牙，小智又流了三滴汗。
“OK，那就晚安了”。
“哦，晚安”，小智剛說完，媽媽就掛斷了電話。
放下電話后，小智想了想還是不要等博士把電話打來了，於是又拿起電話，撥通了大木博士研究所的電話。
“喂，那位？”博士端着拉麵說道。
“是我啊，大木博士。”
“哦，原來是小智啊，你媽媽剛剛打電話和我說你到了常磐市呢，你做的很好，雖然這只是成為神奇寶貝訓練家的的小小一步，對你而言呢，卻是一大步了，雖然我不是很期待你，但是子彈打多了，總會有幾顆中目標的，真新鎮有越多的神奇寶貝訓練家，我就越光榮，所以，我會儘力幫你的”，因為小智的第一天遲到，使大木博士的印象很不好，以為小智還是那個不靠譜的小智，所以這樣說，“對了，你用那個神奇寶貝球收服到幾隻神奇寶貝啦”，對大木博士來說，還是神奇寶貝比較重要。
“一~一隻”，小智不好意思的說出來。
“才一隻啊，小茂都已經抓到六隻了”，大木博士驚訝小智竟然只抓到一隻，就拿了小茂跟小智作對比。
“對了大木博士我看到了很想那個樣子的神奇寶貝”，小智指了指屏幕上面的圖案。
“這是沒有人見到過的神奇寶貝，你說你看到了，怎麼可能”，大木博士不太相信小智的話。
“真的，大木博士，我還拍了照，過會我就發給你”，小智接著說道。
“真的嗎？如果是真的那可是大發現，快傳給我”，大木博士驚訝小智真的發現了傳說中的神奇寶貝。
“知道了”，小智把圖鑑放入了電話了，電腦開始顯示圖片傳送的聲音。
“好了，就這樣，想掛了”，大木博士掛掉了電話。
“你的皮卡丘和bobo很健康”，吉利蛋和喬伊小姐把皮卡丘和bobo的寶貝球送了出來，對着小智說道。
“謝謝”，小智接過皮卡丘和bobo的寶貝球后，禮貌的說。
就在小智和小霞要去休息的時候，警報突然響起來了：緊急警報，緊急警報，常磐市有外人入侵，很可能是神奇寶貝綁架集團。
然後隨着一聲玻璃的破碎聲，兩個神奇寶貝球從天窗掉了下來，出來了一隻瓦斯彈和阿柏蛇，瓦斯彈一出來就是用了煙幕，由於知道是火箭隊，小智立刻把皮卡丘放在肩頭，拉着小霞和喬伊進了存放精靈球的房間。剛關好門，就聽到後面火箭隊在大喊：“給我們等一下，我們還沒念開場台詞呢，既然這樣，我們就要大肆破壞啦。”
“趕緊把精靈球轉移吧，他們應該是壞人，小霞注意安全。”進了房間后，小智立刻說道。
但突然間斷電了，“怎麼回事？”小霞微微有點擔心的問道。
“應該是電力系統被破壞了，不過不用擔心，我們還有發電機可以用。”喬伊小姐安慰的說道。
然後就看都好多皮卡丘一邊跑着一邊在放電，“皮卡皮卡丘丘，皮卡皮卡丘丘……”，在皮卡丘的發電下，燈亮了，電腦也開始工作了，喬伊小姐立刻聯繫了尼比市的神奇寶貝中心，“這裏是常磐市的神奇寶貝中心，發生緊急事態，現在要緊急傳送神奇寶貝球過去”。
“這裏是尼比市的神奇寶貝中心，我們知道了，現在就回收神奇寶貝球”，那邊也傳來了聲音，然後就開始傳送神奇寶貝。
就在這個時候，瓦斯彈和阿柏蛇破門闖了進來撞翻了放神奇寶貝球的架子。
“麻煩你們快叫出神奇寶貝來戰鬥”，喬伊小姐對小智和小霞喊道。
“好，皮卡丘，bobo決定是你們了”，小智放出了bobo和皮卡丘。
bobo剛出來就被阿柏蛇嚇到了躲到了小智的腦後。
“那種廢物是打不贏的”，武藏和小次郎看小智的bobo沒有了戰鬥意識就嘲諷小智。
“bobo，不要怕，沒什麼可怕的，我相信你可以的”，小智沒有灰心並鼓勵bobo戰鬥，bobo受到了小智的鼓舞重新振作起來了。
“皮卡丘們，聽我的口令，全體使用電擊，bobo用叫聲和烈暴風”，小智看到皮卡丘后，立刻對着所有的皮卡丘下令說，皮卡丘們聽到了小智的命令一起使用了電擊，只不過電擊上朝向小智的皮卡丘的，“皮~卡~”，皮卡丘開始吸收電力雙頰出現了電脈。
“難道，好，皮卡丘對着他們使用十萬伏特”，小智覺得皮卡丘吸收了強力電流因為會學會十萬伏特，就對皮卡丘交道。
“皮~卡~丘~”，皮卡丘使出了十萬伏特配合bobo的烈暴風產生了‘電風’吹向火箭隊，阿柏蛇和瓦斯彈被卷到了‘電風’里，“啊，怎麼會這樣”，火箭隊看到自己的神奇寶貝很輕鬆的被打敗感到驚訝。
“既然這樣，我們就親自動手”，火箭隊看自己的神奇寶貝沒用就打算直接動手。
“你們不會得逞的，bobo，使用烈暴風送走他們”，bobo收到命令使出了烈暴風颳走了火箭隊，“bobo，你太棒了”，小智看bobo送走了火箭隊就以示鼓勵。
bobo開始顯現出進化的光芒，一陣光芒過後bobo進化成了比比鳥，“太好了，比比鳥，你成功進化了”，小智看到bobo進化成比比鳥高興的叫道。
隨後君沙小姐趕到，處理剩下的事務，而小智和小霞也在和喬伊小姐說了一下后回去休息了，不過小智把皮卡丘留給喬伊檢查了，剛才吸了這麼多電，還是檢查一下的好，而且小智估計火箭隊又會和原著一樣跟着他了，不過他可不覺的是麻煩，他還等着火箭隊送經驗呢。