序
萬曆十年十一月二十九日，北京紫禁城文華殿。
自從馮保造反之後，我又對上朝做了改變，分成閣議與朝議。閣議定在每日辰時，由九名內閣成員參與議事，督察院旁聽，其餘相關人等亦可奉召旁聽。主要議處各部前一日的政務，並對此前議定之事的落實情況由督察院作出置詢。朝議則改成每十天一期，也是辰時開始，六部九卿的正職及左右副職都要參與，對十天來閣議內容做一個總結，由參與人員做出置詢。另外在文華門邊原內鑾駕庫值房處新設了一個朝記處，京城官員包括各地來京述職的地方官員都可直接到這裏登記，並將自己要呈的本章交與朝記處當面密封后呈到上書房，再由我閱后做出決定是讓其參加朝議，還是私下接見他，或者置之不理。這般做只是為了給下官監察上官的一個機會而已。
同時，還有一種不成制的被官員稱為房議的方式，就是由我單獨在上書房召見相關人等發號施令。
在這一段時間裏，京里的官員一個個都很忙，我所設想的事情正一件件的得以實現。
最忙的是海瑞，他的行動可以用風暴來形容。南北二都聚在一起的御史共有二百二十人，被他問罪的就有七十多個，還有十幾個自動請辭，這個比例在京里各部當中是最高的，其它各部寺衙門加起來也有盡四百人被他所參奏，他的這一成果得益於我有意讓王德透露給他的情報，和刑部、吏部及通政院的配合。隨着接下來在各道督察使司的設立，這股清理風潮將會吹向京外。但督察院現在自身也存在不足，最重要的是人才的缺泛。王用汲已經被從京軍衙門調了回來，還有陸樹德、耿定向、沈鯉、陳於陛等人也都到了督察院，督察院現在的總人數有近三百人，隊伍比原先要壯大了許多，但人員的缺口與我所設想的將督察院的分支機構配屬到縣一級的目標還有相當的差距。
海瑞此番可說是意氣風發，歷史上督察院在這麼短的時間內參倒這般多的人，可以說是絕無僅有的。他正想大展拳腳，向著地方進軍時，我有意讓他稍停了一下，在沒有找到足夠可用的人之前，我不得不讓一些**官員繼續留任，甚至連派往各地的太監暫時也沒有隨着這股風而被召回來，這一點司禮監張宏用“穩”字決的處理方式讓我非常滿意，往後這宮裏的事還是要交給他的。海瑞雖然心裏有些不願，但好在有王用汲等人從旁勸說，王德這邊又不再為他提供情報支持，他也就成了巧婦難為無米之炊中的巧婦，這才暫時鳴金收兵，轉而加緊督察院內部的建設。在我規定的各部都必須立下明確的規章條則約束官吏一事上，督察院是第一個交來了他們的條則。隨着各部條則的修定完畢，將會以此為基將〈大明律〉中吏篇調出，專門修訂一部〈官吏法〉頒佈實行。
另外，這一場風暴將一大批貪官掃除出去的同時，也為我帶來了四千多萬兩白銀和相當數目的田產，這是我當初敢於推動京軍整頓與土地改革的原因。單從馮保府中就抄沒家產計銀四百餘萬兩、田產七百餘頃，比史書所記要多了近一倍，這讓我想起了金庸筆下的韋小寶來，他的第一桶金可就是抄家抄來的，現在看來早在他之前就已經有了原型人物的存在了。
各部也都作了初步的整改，整改主要是在人事變動方面：
吏部依然由王國光任尚書，而王篆則升為左侍郎，原吏部郎中王世貞升右侍郎，現在各部左右副職都不再有級別上下之分，只是所擔職責的不同而已，如吏部原本設有文選、封賞，稽勛、考成四司，兩個侍郎則是各分管兩個司，再歸於尚書統籌。原先的幾個郎中、主事，像姚文尉，於永清等共三十餘人被查處，而李世達、陸光祖、楊時喬等一批正直清廉的人進入吏部任職。
戶部尚書還是張學顏當任，將戶部、度支、金部、倉部四個下屬部門，改為七個，分別是管理人口和安排移民的戶司、管理土地的國土司、管理財政（包括支出官員俸餉和各部用度以及銀行等金融系統）的度支司、管理稅收和工商登記的稅賦司、管理國營商業企業及礦產資源的礦司、管理糧食等國家資源儲備的倉司、負責審計開支情況的計司。戶部不再分左右侍郎，而統稱為侍郎，共有四位侍郎，分別是管理人口與土地的田倌、管理財政稅收的龐尚鵬、管理礦廠司和倉司的孟一脈、管理籌計司的唐伯元。各司再設郎中、員外郎各一名，按不同科再設主事數人。原來兩名侍郎王開、蔣中臣以及南京戶部侍郎沈一貫，以下者共計六十餘人被查處，僅次於督察院。
刑部尚書嚴清擢留任，徐學漠留任左侍郎，原右侍郎呂坤調往大明太學府，由趙用賢接任。刑部原來下設的刑部、都官、比部、司門四司，改為三司，將管律令的刑部歸入大理寺的修律司，負責司法審判的都官改為法司、管理天下捕快的比部改為督捕司，負責牢禁之政的司門名稱繼續延用。原江西道按察使王天性任法司郎中，原神機營統領趙定山調任督捕司任捕總，負責皇宮安全的錦衣衛改由御前侍衛統領管制，原錦衣衛都指揮使，張居正的弟弟張居易調任司門總監。刑部共被查處者有三十餘人。
工部原左右侍郎張鼎思、錢普以下者共四十餘人被查處，現在的尚書依然是曾省吾，左右侍郎則是周汝登、饒坤。工部、屯田、虞部、水部四司依然保留，但職責稍有變化。工部負責城市、工礦企業，如城市規劃、政府建設工程、鐵廠、船廠等的建設、；屯田除了負責屯田和農業水利工程外，還要負責環境治理，如植樹等綠化工程；虞部依然負責工匠管理，以後看情況再設一個總工會類似的機構；水部則負責防災救災工程、交通工程等的建設。另外再增設了一個工研司，負責科學研究。
禮部尚書余有丁，其下有三個侍郎：王家屏管理負責教育的大明太學府、許國管理負責祭祀這一類會議籌備工作的祠膳司，洪有復管理負責外交和民族問題的主客司。本來歸禮部收取的僧侶渡碟銀（可能朱元璋當過和尚的原故，知道當和尚的收入不錯，所以明朝對僧侶有着較為嚴格的控制，每個僧侶每年都要上繳一厘的渡碟銀，還有每年都有新增僧侶數量的指標，買一個指標得二兩銀，這就是渡碟銀，一年大概有兩三萬兩的收入）、香稅銀（按着香客人數大約估計每個寺畝的一年的香金，再按兩成收稅，稱為香稅，一年也有兩三萬兩）、花捐銀（從妓女身上收得的稅銀，稱為花捐，每年大約有一萬兩，而每三年一次的科舉所需也差不多要三萬兩，所以花捐大都做為籌備科舉用度，這就是“當官的都是婊子養的”的由來）這三樣收入都劃歸戶部稅賦司，而其下負責銅錢、金銀鑄造和印製紙鈔的鑄印局也被划入戶部度支司。禮部將專門成為一個管理教育、外交和典禮籌備的部門，此次共有三十餘人被查處。
兵部尚書梁夢龍，兵部下設四個直屬部門，分別是兵部、軍學院、駕部、庫部，各設一侍郎管理：
汪道昆管理兵部，兵部下設三司，分別是負責軍籍管理和徵兵的兵司，負責將領升擺任免和勛封的勛司，負責軍費預算的軍餉處，三司各設郎中一人，員外郎二人，主事不等。
原大理寺卿宋應昌管理負責軍事教育的軍學院，軍學院下設三個分支學院，分別是大明步軍學院、大明水師水院、大明軍工學院，另外還在各地兵源較為集中的地方建立小校場，小校場主要負責初級軍事教育和為軍學院提供生員的作用。
原浙江副使葉夢熊管理負責地圖測繪、軍事工程建設、後勤保障的駕部。駕部下設三個部門：一是負責地圖測繪、地理探索和帶有部份情報功能的繪圖局；二是管理軍事工程建設和屯田的建工局，建工局暫時組建兩支工軍，名為左右軍。將來將設立五支，東南西北中五部，中部工軍將做為專業的屯兵，以適應將來移民工程的需要，其數大概在80到100萬間，其餘四部將負責各自方向的軍事工程建設；三是負責後勤保障的後勤處。
明代有名的兵器專家趙士禎管理負責兵器生產、舟車製造及研發的庫部。庫部下設三個局，分別是負責兵器製造的軍械局，負責艦船與駕車製造的製造局，負責軍工研發的軍工局。現在劃歸其管轄的廠礦企業有：南京龍江船場、淞江淮南清江船場、蘇州府船場、福州五虎門船場，山東北清河船場、北京兵部鑄造場、北京兵部火藥廠等。
另外，類似於憲兵機構的軍法司則直接由尚書梁夢龍直管。兵部此次共被查處二十餘人。
而另一個軍事部門五軍府本身的權力並不是很大，再加上為了穩定軍隊的考慮，暫時還沒有去碰，但以京軍整頓為缺口，還是辦了十餘人。以後五軍府將會做為一個內務部隊的指揮機關，只負責城市安全、搶險救災等，除去常備兵員外，還負有管理預備役的工作。
將來兵部將不再具有軍事指揮代理（代皇上發佈命令）權，而是交與新設的類似於總參謀部的軍機處，把皇極殿右側的武英殿設成軍事議事廳，與左側文華殿內閣議事廳左右呼應，一文一武，明示我要行文武並重的決心。現在的軍機處只有原總督大同、宣府、山西軍務的方逢時、原總督甘陝軍務的魏學曾、原順天府尹、總督薊遼軍務的張國彥三人。另外兵部尚書梁夢龍、京軍正副督師戚繼光、張佳胤，還有各方軍隊要員像李成梁等人都一併在軍機處挂名，名為軍機大將。將來軍機處將下設四局，分別是負責戰事參謀的武議局、負責安排日常訓練大綱和落實訓練內容的操練局、負責軍法修編和對兵部軍法司形成監督的軍法局，以及軍事情報局。
除了六部的改制，其餘各部門也都做了改變：
管禮樂的太常寺的名稱依然保留，但當中為祭祀典禮奏樂和選擇吉日時辰的幾個官署御門被併入禮部的祠膳司，只留下太樂署與樂習署，負責管理戲曲等文藝活動和培養這方面的人才。太常寺卿由萬曆的叔叔，在音律上留有盛名的朱載堉當任，同時，這樣的安排除了按才任用外，也是為了有利於撤消宗人府。而少卿則由明朝有名的戲曲家屠隆領着。
掌管朝廷祭享、筵席及宮中膳羞的光祿寺與掌管朝會、筵席、祭祀贊相禮儀的鴻臚寺被撤消，人員被分成了兩部份，一部歸入祠膳司，一部歸入內務府。內務府是在這次皇宮清撤後新成立的，分成兩個司，一是內監，一是內務。內監司負責後宮雜務，下設御書房（實際上是獨立於內務府之外，為皇帝私人秘書處，暫由王德領着）、御膳房（將糕點房等做飯的地方合併而成）、內庫房（有甲乙丙丁四庫，分別是負責存放食物的甲字庫、負責存放衣料的乙字庫、負責存放日常用品，包括桐油、蠟燭、紙筆等的丙字庫、負責存放錢銀財寶的丁字庫）、花草房（負責皇宮建築修膳維護，一部份的工作交由工部負責）、內侍房（負責後宮妃嬪起居和打掃衛生等雜務）、鑾駕房（負責皇宮車馬調度）。內務司則是負責外廷雜務，包括茶水房（為內閣和軍機處官員端茶遞水、打掃衛生、維護擺設等）、文書房（類似於中央秘書處，負責會議記錄及公佈等文書工作）、朝記處（新設，負責朝制禮儀、考勤登記等）、紅書房（包括紅本庫和實錄庫，兩個庫都是保管檔案的機構，紅本庫是保管諭詔政令等，實錄庫是保管會議記要、坻報等），而從光祿寺與鴻臚寺調撥過來的人員大都進入文書房和紅書房。
內務府掌印由張宏當任，王德任副職，張鯨、張烈二人被革職查辦。王德領着的東廠做為一個情報機構，名義上仍然掛在內務府之下，但實際上內務府不再具有管理權，只是其開支用度預算仍從內庫房支取。同樣的，由李煜領着的負責皇宮安全的錦衣衛也是如此。
負責馬政的太僕寺依然保留，當中負責皇宮車駕的職權被歸入內監鑾駕房，其最終將會成為一個畜牧業的管理機構，但原來儲備軍馬銀的職能將始終保留下去，戶部除了每年需撥付軍費外，還需額外再按一定比例撥會一筆錢銀到太僕寺，作為軍事儲備金，使將來縱是出現財政危機的情況，也始終能保持一支高效有力的軍事力量。
大理寺方面，我原定由原督察院都御史陳玠當任寺卿，但在海瑞執意參其“不為”的情況下，一向採取強硬態度的我也不得不第一次做出妥協，將陳玠革職，第一次領受了這把“雙刃劍”的執拗，但海瑞的作用無疑是我現在所需要的，沒有這樣的人，吏制的整頓，反腐大舉就無法落實下去。現在的大理寺由宋儀望當任寺卿，大理寺下設三個部門，一為負責立法的修律司，二為法檢司，法檢司的職責是對刑部審理的案件做出複核監督，若對判罰不服者，也可自行到法檢司提出上訴，由法檢司審查案卷后再決定有無必要發回刑部重審，以保證司法的公正性。三為管理狀師的狀書處。
通政院除了金學曾、李順、鄒元標三人外，還有顧憲成、姜士昌、李三才、李廷機、王圻、吳道南、王錫爵、楊本庵、溫純、徐貞明、潘季馴、李時珍等一大批能臣幹將的加入。通政院暫設驛馬司、災害防治司（明時災害太多了，還是設立一個專門的救災機構才好）兩個直屬部門，再在十三道設立通政使司。驛馬司分成負責宣傳的宣詔處、負責郵政的信使處、負責驛站經營管理的驛站處，驛馬司由王錫爵、溫純、姜士昌三人負責。災害防治司分成負責自然災害防治和搶險賑災事宜的河道官署，和負責溫疫等傳染病控制和防治的疫情官署。河道官署由潘季馴、王圻、吳道南等水利專家負責，疫情官署由李時珍、周慎齋、繆仲淳等醫學大家負責。災害防治司要完成水利工程建設設計及監督由工部負責的施工進程，要研究各類溫疫等傳染性疾病的治療和控制方法。同時，大凡一地發生災情，都要分別同時上報戶部及通政院，由災害防治司拿出方案責成戶部落實救災事宜，避免一部專職，而救災時宜也將不再由地方政府出面落實，而是由通政院與戶部聯合派人前往督辦，“救命錢”將直接由中央掌握。
通政院裏不管是在常設機構任職的還是沒有專職的人員，都統一授與院士或小院士的稱號，院士者四品以上官銜，小院士為六品以上官銜。這些人除了完成自己本職工作外，還要聽命於皇上派往各地督辦各種事情，事情辦好后則回通政院。而通政院將來將會成為官員升遷的一個中轉站，進入通政院又能辦好差事的人，因了通政院內部的官職稀缺，不可能全部內部消化，所以就會調往其它部門任職。實際上通政院就是一個官員在職培訓機構一樣，在通政院裏是以辦事為目的，可以培養官員的行政辦事能力，只要在這一個環節加以把關和培養，就能使得將來整個吏制的面貌為之大變。
不管是哪一個部門，現在所有的主要官員，在史上都留有清廉名聲，也都是一些有能力的人，通過這樣的一番人事變更，京城官場的面貌開始出現了煥然一新的氣象。隨着那麼多的人被扔進了大牢之中，不管是在原職辦差還是新官上任，都深刻的領會了我這個皇上的心思，那就是要將吏制徹底的整頓一番，這麼大的變動，使的他們一個個都很忙，同時，他們的領會又使得這股反腐風暴向著京外漫延而去，我是想剎也剎不住了。
事情也並非都是順順利利的，李太后承諾接手辦理的撤消宗人府的事情就還沒有頭緒，領着宗人府的定國公是一聽就滿嘴答應，可宗人府並沒有多少權力，頂多也就是給宗室王族發發錢糧，將人員記入戶冊而已。無奈之下李太后只好讓自己的另一個兒子潞王，還有自己的老爹這些她能直接說上話的人出來帶了個頭，但還是進展緩慢。按原來估計，發給南直隸的南王（史上無這個稱號，笑笑自編的）等人的詢函也該有個迴音了，可到現在也還沒有擺在我的桌前，很顯然這些人都暫時採取了沉默的應對方式，或許正在暗中相互勾結。這讓我有了警惕之心，讓王德加大了對各宗王的情報收集力度。
可喜的事也不少，前日收到來信，被我派往日本的鄭海已於十天前登上了前往琉球的海船。
PS:這個序真是不好寫啊，重新番查了一遍史書，將各部官員的名字與能力做出分類，再開始寫這個序，又要對整個政府架構做出安排，實在是難為了這幾天因感冒而腦子昏昏沉沉的我，每天對着電腦三四個小時，硬是碼不出幾個字來，所以才停了更新，後面的章節以前就已經有了些存稿，所以更新不會再慢了.只所以寫這個序還有就是為了讓一些直接從第三卷開始看的讀者朋友準備的，因此依然採用了第一人稱.希望你們能通過這個序大概了解前兩卷的內容.同時希望大家能多多收藏，是好書還是爛書，都可以在書評對笑笑我指謫一番.